CFU的計量方式與直接計數(shù)菌體數(shù)量不同，它專門計算能夠在培養(yǎng)基上生長形成菌落的活細菌。理論上，一個活細菌在適宜條件下可以形成一個菌落，但實際上，由于細菌可能吸附在微小顆粒上或粘連在一起，多個細菌可能共同形成一個菌落。因此，CFU并不等同于細菌的實際數(shù)量，而是一種基于能夠形成可見菌落的活細菌的估算值。

CFU計數(shù)不能精確反映細菌的真實數(shù)量的主要原因：

1、菌落合并：在實際操作中，待測樣品往往難以完全分散成單個細胞，因此長成的一個單菌落可能來源于樣品中的兩個或更多個細胞的聚集生長。

2、培養(yǎng)條件限制：并非所有細菌都能在標(biāo)準(zhǔn)的培養(yǎng)條件下生長，有些細菌可能因為特殊的營養(yǎng)需求或生理特性而無法被培養(yǎng)出來，這會導(dǎo)致實際存在的細菌數(shù)量被低估。 

3、菌落形成單位的定義：CFU計數(shù)是基于活菌計數(shù)的，即每個菌落代表一個能夠形成可見菌落的活細菌細胞或細胞群體。這個計數(shù)方法假設(shè)每個菌落起源于單一的細胞，但實際上可能并非如此。 

4、操作誤差：在樣品的稀釋、接種和計數(shù)過程中，人為操作可能引入誤差，這些誤差會影響最終的計數(shù)結(jié)果的準(zhǔn)確性。

5、菌落計數(shù)的主觀性：菌落計數(shù)依賴于人工觀察和計數(shù)，不同的觀察者可能會有不同的計數(shù)標(biāo)準(zhǔn)，從而導(dǎo)致結(jié)果的變異。