1、袋料面出現(xiàn)白色絮狀氣生菌絲
　　原因：①菌袋含水量偏低，保濕發(fā)菌階段空氣溫度不足。②搔菌后，催蕾室內(nèi)二氧化碳濃度偏高，通風(fēng)不足，延長了營養(yǎng)生長向生殖生長轉(zhuǎn)化的時間。
　　措施：①調(diào)整培養(yǎng)基含水量。②增加保濕發(fā)菌階段空氣相對濕度，防止氣生菌絲生長過旺，形成菌膜。做好催蕾階段室內(nèi)保溫與通風(fēng)工作。
　　2、“搔菌”3天后，不見料面料恢復(fù)
　　原因：催蕾室小環(huán)境的空氣過于流通，菌袋料面覆蓋物未蓋嚴(yán)。
　　措施：集中處理，用冷開水連續(xù)2天內(nèi)輕噴2--3次，使料面濕潤，噴水10分鐘后再覆蓋，保持覆蓋物與料面之間有較高的相對濕度。
　　3、菌袋料面呈黑色潮濕狀
　　原因：①直接將生水噴灑于料面。②薄膜水時間覆蓋料面，引起膜上冷凝水回滴，導(dǎo)致菌絲萎縮，料面變黑。
　　措施：用滅過菌的小刀挖去發(fā)黑部分培養(yǎng)料，重新保濕發(fā)菌。
　　4、菇蕾變色枯死
　　原因：在誘導(dǎo)出菇階段所分泌的小水珠未能及時風(fēng)干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹沒，窒息而死。
　　措施：待料面出現(xiàn)細(xì)小水珠時，逐漸加大室內(nèi)通風(fēng)，使室內(nèi)的小水珠風(fēng)干，水珠顏色呈淡黃色，清亮為正常，若呈茶褐色或混濁時，視為已被細(xì)菌感染。
　　5、原基密密麻麻，有效菇稀稀拉拉
　　原因：主要是金針菇發(fā)育不同步所致，因?yàn)橐种崎_傘，片面提高二氧化碳濃度，過早地將菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或過早進(jìn)行套袋，使大部分菇蕾因得不到足夠的氧氣供應(yīng)而窒息。
　　措施：應(yīng)根據(jù)不同季節(jié)，不同栽培環(huán)境，采取不同通風(fēng)量的辦法來解決。在抑制階段要加大室內(nèi)通風(fēng)，讓長得高的菇蕾發(fā)白。春夏秋冬，雨天要加大室內(nèi)空氣循環(huán)量，相對濕度保持80％--85％，宜采用豎直往復(fù)式升降扇，確保栽培架每一層空氣均能充分流動。
　　6、出現(xiàn)菌蓋相連，菇柄扁平的“連體菇”
　　原因：菇房內(nèi)換氣不充分，以及菌絲未達(dá)到生理成熟，培養(yǎng)基過干、菌種老化等原因均會導(dǎo)致“連體菇”的產(chǎn)生。
　　措施：以簡易二氧化碳測定儀監(jiān)測基房內(nèi)子實(shí)體不同發(fā)育階段二氧化碳的含量；子實(shí)體發(fā)育過程中光強(qiáng)應(yīng)低于200Lx，每日受光2小時，分?jǐn)?shù)次進(jìn)行。
　　7、菇蕾粗細(xì)不一
　　原因：幼蕾抑制失敗。
　　措施：在催蕾過程中要經(jīng)常疏蕾，將特別粗壯的菇蕾拔棄。
　　8、“水菇”
　　原因：菇房內(nèi)空氣相對濕度較高。
　　措施：盡可能地降低菇房內(nèi)的空氣相對濕度。用豎直往復(fù)或升降風(fēng)扇或180°轉(zhuǎn)頭電風(fēng)扇吹，強(qiáng)制對流。調(diào)整好進(jìn)排氣量的比例，補(bǔ)進(jìn)的新鮮空氣應(yīng)預(yù)冷排濕。采收前兩天要加大空氣對流量。
　　9、菇蕾發(fā)育過程易開傘
　　原因：①菌袋質(zhì)量。若菌絲稀拉，裝料不緊，即使出菇，也易開傘。②栽培管理過程中溫度、濕度、氧氣、光照不協(xié)調(diào)。
　　措施：菌袋培養(yǎng)過程中要加強(qiáng)空氣循環(huán)，防止發(fā)菌階段產(chǎn)生的熱量無法散發(fā)，同時檢查培養(yǎng)料含水量是否低于50％或高于70％，并檢查菌袋滅菌是否徹底，三級種是否受到隱性污染。后兩種可將三級種和未接種的栽培袋在無菌條件下回接入PDA培養(yǎng)基內(nèi)，觀察是否出現(xiàn)污染。
　　10、雜菌污染
　　原因：菇房周圍及栽培場地、栽培架等沒有消毒或消毒不徹底。
　　措施：10．1菇房要認(rèn)真消毒。消毒方法有兩種：一是用福爾馬林熏蒸，即每立方米空間用10毫升福爾馬林與5克高錳酸鉀混合熏蒸，密閉4小時，能達(dá)到消毒目的。二是用硫酸銅溶液噴灑，將硫酸銅配成5％的溶液。對菇房內(nèi)外，栽培床架等物要全面噴灑。
　　10．2菇架的消毒。如果菇架是用松木做的，易發(fā)生綠色木毒，要用硫酸銅溶液消毒。為了預(yù)防曲毒，青毒等雜菌，要用高效漂白粉進(jìn)行徹底消毒，稀釋濃度為100倍，靜止1--3小時，取其上清液全面噴灑即可。
　　10．3消除污染物。對被雜菌污染的瓶、袋要及時拿出室外或遠(yuǎn)離栽培處。否則雜菌孢子會擴(kuò)散到整個菇房或場地。
　　10．4化學(xué)防治。一旦菌害發(fā)生，可采取在水中加入漂白粉、土霉素等，將病原菌消除。不可在菇體上噴灑對人體有害的農(nóng)藥。