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為防止土傳病害，在培養(yǎng)土配制后，還應進行消毒處理。常用的方法有：
1、福爾馬林（40%甲醛）消毒。一般1000千克培養(yǎng)土，用福爾馬林藥液200-300克（毫升），加水25-30千克，噴灑后充分拌勻堆置，上面覆蓋一層塑料薄膜，悶閉2-3天（氣溫較高）或4-5天（氣溫較低）后揭開薄膜，經6-7天待藥氣散盡后即可使用。此法主要是防止猝倒病和菌核病。
2、用70%甲基硫菌靈（甲基托布津）、65%代森錳鋅、50%多菌靈等量混合后消毒。一般1立方米的培養(yǎng)土拌混合藥劑0.15-0.2千克，充分拌勻，可防止白絹病、疫病、炭疽病、枯萎病等。
3、用50%百菌清、50%福美雙或65%代森鋅可濕性粉劑等混合后消毒。一般1立方米的培養(yǎng)土拌混合藥劑0.12-0.15千克。為混合均勻，可先將藥劑拌于細土15千克，再均勻拌入培養(yǎng)土中。這種培養(yǎng)土最好作墊子土和蓋子土，可防止猝倒病和立枯病。
