基因重組是分子水平上的概念，可以理解成是遺傳物質(zhì)分子水平上的雜交，雜交必然包含有重組，而重組則不僅限于雜交一種形式�；蛑亟M又稱為遺傳傳遞，是指遺傳物質(zhì)從一個微生物細胞向另一個微生物細胞傳遞而達到基因的改變，形成新遺傳型個體的過程。它是在細胞繁殖過程或在特定環(huán)境中不同細胞接觸，或不接觸，引起遺傳物質(zhì)傳遞而造成的。在基因重組時，不發(fā)生任何堿基對結(jié)構(gòu)上的變化。重組后生物體新的遺傳性狀的出現(xiàn)完全是基因重組的結(jié)果。它可以在人為設(shè)計的條件下發(fā)生，使之服務(wù)于人類育種的目的。
基因重組有原核微生物的接合和F因子轉(zhuǎn)導(dǎo)，通過雙親細胞的接觸溝通，涉及部分染色體基因的重組；有原核微生物的轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)，雙親細胞不經(jīng)接觸，僅涉及個別或少數(shù)基因的重組；還有真核微生物的有性雜交、準(zhǔn)性生殖，通過雙親細胞的融合，涉及整套染色體基因的重組；此外，原生質(zhì)體融合是破壁后的原生質(zhì)體細胞在一定條件下互相融合，實現(xiàn)遺傳物質(zhì)的重組；而DNA重組技術(shù)則是在體外對DNA修飾改變后，設(shè)法引入受體細胞再實現(xiàn)基因重組。
3.1. 原核生物的基因重組
原核生物的遺傳物質(zhì)傳遞的方式有：有轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)、接合和溶原性轉(zhuǎn)變等四種方式。
3.1.1. 轉(zhuǎn)化(transformation)
轉(zhuǎn)化是指一個種或品系的生物（受體菌）吸收來自另一個種或品系生物（供體菌）的遺傳物質(zhì)（DNA片段），通過交換組合把它整和到自己的基因組中去，從而獲得了后者某些遺傳性狀的現(xiàn)象。轉(zhuǎn)化后的受體菌稱為轉(zhuǎn)化子，供體菌的DNA片段稱為轉(zhuǎn)化因子。呈質(zhì)粒狀態(tài)的轉(zhuǎn)化因子轉(zhuǎn)化頻率最高。能被轉(zhuǎn)化的細菌包括革蘭氏陽性細菌和革蘭氏陰性細菌，但受體細胞只有在感受態(tài)的情況下才能吸收轉(zhuǎn)化因子。
感受態(tài)是指細胞能從環(huán)境中接受轉(zhuǎn)化因子的這一生理狀態(tài)。處于感受態(tài)的細菌，其吸收DNA的能力比一般細菌大1000倍。感受態(tài)可以產(chǎn)生，也可以消失，它的出現(xiàn)受菌株的遺傳特性、生理狀態(tài)（如菌齡等）、培養(yǎng)環(huán)境等的影響。例如肺炎雙球菌的感受態(tài)出現(xiàn)在對數(shù)生長期的中后期，枯草芽孢桿菌等細菌則出現(xiàn)在對數(shù)期末和穩(wěn)定初期。轉(zhuǎn)化時培養(yǎng)環(huán)境中加入環(huán)腺苷酸(cAMP)可以使感受態(tài)水平提高104倍。
轉(zhuǎn)化因子的吸附、吸收和整合：不論是否處于感受態(tài)細菌都能吸附DNA，但只有處在感受態(tài)的細菌，其吸附的DNA才被吸收。受體細胞吸附的轉(zhuǎn)化因子，必須是雙鏈的DNA，且DNA分子的相對分子質(zhì)量不小于3×105 ，但轉(zhuǎn)化時只有一條鏈進入受體細胞，而另一條鏈被細胞表面的核酸外切酶分解。具體轉(zhuǎn)化過程如下：先從供體菌提取DNA片段，接著DNA片段與感受態(tài)受體菌的細胞表面特定位點結(jié)合，在結(jié)合位點上，DNA片段中的一條單鏈逐步降解為核苷酸和無機磷酸而解體，另一條鏈逐步進入受體細胞，這是一個消耗能量的過程。進入受體細胞的DNA單鏈與受體菌染色體組上同源區(qū)段配對，而受體菌染色體組的相應(yīng)單鏈片段被切除，并被進入受體細胞的單鏈DNA所取代，隨后修復(fù)合成，連接成部分雜合雙鏈。然后受體菌染色體進行復(fù)制，其中雜合區(qū)段被分離成兩個，一個類似供體菌，一個類似受體菌。當(dāng)細胞分裂時，此染色體發(fā)生分離，形成一個轉(zhuǎn)化子。
影響轉(zhuǎn)化效率的因素：受體細胞的感受態(tài)，它決定轉(zhuǎn)化因子能否被吸收進入受體細胞；受體細胞的限制酶系統(tǒng)和其他核酸酶，它們決定轉(zhuǎn)化因子在整合前是否被分解；受體和供體染色體的同源性，它決定轉(zhuǎn)化因子的整合。
在原核微生物中，轉(zhuǎn)化是一種比較普遍的現(xiàn)象，除肺炎雙球菌外，目前還在
嗜血桿菌屬、芽孢桿菌屬、奈氏桿菌屬、葡萄球菌屬、假單孢桿菌屬、黃單孢桿菌屬等以及若干放線菌和藍細菌中發(fā)現(xiàn)具有轉(zhuǎn)化現(xiàn)象。另外，真核微生物如酵母、粗糙鏈孢霉和黑曲霉中也發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)化現(xiàn)象。
3.1.2. 轉(zhuǎn)導(dǎo)(transduction)
轉(zhuǎn)導(dǎo)是以噬菌體為媒介，把一個菌株的遺傳物質(zhì)導(dǎo)入另一個菌株，并使這個菌株獲得另一個菌株遺傳性狀。轉(zhuǎn)導(dǎo)又分為普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)和特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)。
普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)(generalized transduction)是指轉(zhuǎn)導(dǎo)型噬菌體能傳遞供體菌株任何基因。如大腸桿菌P1噬菌體、枯草桿菌PBS1噬菌體、傷寒沙門氏菌的P22噬菌體等都能進行普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)。它的轉(zhuǎn)導(dǎo)頻率為10-5~10-8。能進行普遍轉(zhuǎn)導(dǎo)的噬菌體，含有一個使供體菌株染色體斷裂的酶。當(dāng)噬菌體DNA被噬菌體蛋白外殼包裹時，正常情況下，是將噬菌體本身的DNA包裹進蛋白衣殼內(nèi)，但也有異常情況出現(xiàn)，供體染色體DNA (通常和噬菌體DNA長度相似)偶然錯誤地被包進噬菌體外殼，而噬菌體本身的DNA卻沒有完全包進去，裝有供體染色體片段的噬菌體稱為轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。轉(zhuǎn)導(dǎo)顆�？梢愿腥臼荏w菌株，并把供體DNA注入受體細胞內(nèi)，與受體細胞的DNA進行基因重組，形成部分二倍體。通過重組，供體基因整合到受體細胞的染色體上，從而使受體細胞獲得供體菌的遺傳性狀，產(chǎn)生變異，形成穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子，這種轉(zhuǎn)導(dǎo)稱為完全轉(zhuǎn)導(dǎo)(如圖5－12)。在普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)中，有時轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體DNA不一定都能整合到受體染色體上，產(chǎn)生穩(wěn)定轉(zhuǎn)導(dǎo)子，更多的則是轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體染色體不能整合到受體染色體上，也不能復(fù)制，但可以表達，這種轉(zhuǎn)導(dǎo)稱為流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)。
圖5－12. 沙門氏菌的普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)
在一次轉(zhuǎn)導(dǎo)中流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)往往多于完全轉(zhuǎn)導(dǎo)的細胞。在流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)的情況下，轉(zhuǎn)導(dǎo)子細胞每分裂一次，轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體染色體片段只傳給兩個子細胞中的一個。這樣一代一代的分裂下去，供體染色體片段便一直沿著單個細胞單線傳遞下去，稱為單線傳遞(如圖5－13)。
特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)(specialized transduction)是指噬菌體只能轉(zhuǎn)導(dǎo)供體染色體上某些特定的基因。它的轉(zhuǎn)導(dǎo)頻率為10-6。特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)是在大腸桿菌K12的溫和型噬菌
圖5－13. 流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)中所形成的微小菌落示意圖
細胞中的長線表示染色體，短線表示由轉(zhuǎn)導(dǎo)噬菌體引入的野生型基因，
黑點表示酶分子，虛線范圍內(nèi)是一個菌落中的全部細菌
體（λ）中首次發(fā)現(xiàn)的，它只能轉(zhuǎn)導(dǎo)大腸桿菌染色體上半乳糖發(fā)酵基因(ga1)和生物素基因（bio）。當(dāng)λ噬菌體侵入大腸桿菌K12后，使其溶源化，λ原噬菌體的核酸被整合到大腸桿菌DNA特定位置上，即gal基因和bio基因座位的附近。λ噬菌體可以通過附著位置間一次切離，從細菌染色體上脫落下來，偶而在噬菌體和細菌染色體之間發(fā)生不正常交換，誘發(fā)產(chǎn)生轉(zhuǎn)導(dǎo)型噬菌體，帶有細菌染色體基因gal或基因bio(如圖5－14)，而噬菌體的部分染色體（大約25％的噬菌體DNA）被留在細菌染色體上，形成帶有g(shù)a1基因或bio基因的噬菌體。其中帶有g(shù)a1基因的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒稱為λdga1，d表示缺陷的意思。這種轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒不能獨立復(fù)制，當(dāng)它侵染敏感細菌時，不能產(chǎn)生侵染性子代。
圖5－14. 轉(zhuǎn)導(dǎo)噬菌體形成過程
圖5－15. λdga1+通過lac基因位置的交換所形成的轉(zhuǎn)導(dǎo)子
A表示兩次交換產(chǎn)生穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子 B表示一次交換產(chǎn)生不穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子
λdga1轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒導(dǎo)入gal-受體菌后產(chǎn)生兩種情況(如圖5－15)，一種是形成穩(wěn)定的、非溶源性的轉(zhuǎn)導(dǎo)子，約占1／3。λdga1所帶的ga1+基因通過lac基因位置的兩次交換，永遠取代gal-基因，得到ga1+轉(zhuǎn)導(dǎo)子；另一種轉(zhuǎn)導(dǎo)子是不穩(wěn)定的，約占2／3。它是λdga1轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒通過lac基因位置的一次交換，使ga1+基因整合到受體染色體的gal-基因旁，這樣受體細胞中除gal-基因外，還有λdga1噬菌體的ga1+基因，其基因型是λdga1+gal-，也稱雜基因子，其后代都能分離出gal-細菌。
3.1.3. 接合(conjugation)
接合是通過供體菌和受體菌的直接接觸傳遞遺傳物質(zhì)。接合有時也稱雜交，接合不僅存在于大腸桿菌中，還存在于其他細菌中，如鼠傷寒沙門氏菌。
F因子 在細菌中，接合現(xiàn)象研究最清楚的是大腸桿菌。大腸桿菌的接合與其細菌表面的性纖毛有關(guān)，大腸桿菌有雄性和雌性之分，而決定它們性別的是F因子的有無。F因子又稱致育因子，能促使兩個細胞之間的接合，是一種質(zhì)粒。其遺傳組成包括三個部分：原點（是轉(zhuǎn)移的起點）、致育基因群、配對區(qū)域。F因子約有6×104對核苷酸組成，相對分子質(zhì)量為5×107， 約占大腸桿菌總DNA含量的2％。F因子具有自主地與細菌染色體進行同步復(fù)制和轉(zhuǎn)移到其他細胞中去的能力。它既可以脫離染色體在細胞內(nèi)獨立存在，也可以整合到染色體基因組上；它既可以通過接合而獲得，也可以通過理化因素的處理而從細胞中消除。
臍狀雌性細菌不含F(xiàn)因子，稱為F—菌株，雄性含有F因子，并且根據(jù)F因子在細胞中存在情況的不同而有不同名稱。一種是游離在細胞染色體之外，為自主復(fù)制的小環(huán)狀DNA分子，這樣的細菌稱為F+菌株；另一種狀態(tài)是F因子整合在細菌染色體上，成為細菌染色體的一部分，隨同染色體一起復(fù)制，這種細菌稱為Hfr菌株(high frequency recombination)，即高頻重組菌株；還有一種狀態(tài)是F因子能被整合到細胞核DNA上，也能從上面脫落下來，呈游離存在，但在脫落時，F(xiàn)因子有時能帶一小段細胞核DNA，這種含有游離存在的但又帶有一小段細胞核DNA的F因子的細菌稱為F’菌株。上述三種雄性菌株與雌性菌株接合時，將產(chǎn)生三種不同的結(jié)果：
F+×F— 當(dāng)F+和F—細胞混合在一起時，不同類型的細胞，只要幾分鐘，便成對地連在一起，即所有F+細胞跟F—細胞配好對，同時在細胞間形成一個很細的接合管。F因子穿過接合管，進入F—細胞，使其轉(zhuǎn)變?yōu)镕+ 菌株。具體過程為：F+ 菌株的F因子的一條DNA單鏈在特定的位置上發(fā)生斷裂，斷裂的單鏈逐漸解開，同時留下另一條環(huán)狀單鏈為模板，通過模板的旋轉(zhuǎn)，一方面解開的一條單鏈通過性纖毛而推入F—菌株中，另一方面，又在供體細胞內(nèi)，重新組合成一條新的環(huán)狀單鏈，以取代解開的單鏈，此即為滾環(huán)模型。在F—菌株細胞中，外來的供體DNA單鏈上也合成一條互補的新DNA鏈，并隨之恢復(fù)成一條環(huán)狀的雙鏈F因子，這樣，F(xiàn)—就變成了F+ 菌株。在F+× F—雜交中，雖然F因子以很高的頻率傳遞，但給體遺產(chǎn)標(biāo)記的傳遞則是十分稀少的（只有10-6~10-7）。
F’×F— F’菌株與F—菌株的接合過程同F(xiàn)+與F—菌株的接合過程，接合后，產(chǎn)生二個F’菌株。
Hfr×F— 當(dāng)Hfr細菌與 F—細菌混合時，兩細胞接合配對，接著從Hfr細胞把染色體通過接合管定向轉(zhuǎn)移給F—細胞。Hfr菌株與F—菌株接合的情況比較復(fù)雜，接合結(jié)果也不完全一樣（圖5－16）。在大多數(shù)情況下，受體細菌仍是F—菌株，只有在極少數(shù)情況下，由于遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移的完整，受體細胞才能成為Hfr菌株。其原因如下：當(dāng)Hfr菌株與F—菌株發(fā)生接合時，Hfr染色體在F因子處發(fā)生斷裂，由環(huán)狀變成線狀。緊接著，由于F因子位于線狀染色體之后，處于末端，所以必然要等Hfr的整條染色體全部轉(zhuǎn)移完后，F(xiàn)因子才能進入到F—細胞。而由于一些因素的影響，在轉(zhuǎn)移過程中，Hfr染色體常常發(fā)生斷裂，因此Hfr菌株的許多基因雖然可以進入F—菌株，越是前端的基因，進入的機會越多，在F—菌株中出現(xiàn)重組子的時間就越早，頻率也高。而對于F因子，其進入F—菌株的機會很少，引起性別變化的可能性也非常小。這樣Hfr與F—菌株接合的結(jié)果重組頻率雖高，但卻很少出現(xiàn)F+菌株。
(1)具有組入F因子(用波狀線表示)的Hfr細胞跟F—細胞配對。雙重圓圈表示構(gòu)成細菌染色體的雙螺旋DNA。(2)接合管形成，Hfr 染色體從F插入點附近的起始位置(i)開始復(fù)制。親本DNA 的一條鏈穿過按合附近的起始位置 (i)開始復(fù)制。親本DNA的一條鏈穿過接合管進入受體細胞。(3)在復(fù)制和傳遞過程中，正在交配的細菌分開，形成一個F—部分合子或部分雙倍體細胞。在F—細胞中大概還合成了DNA的一條互補鏈。 (4)F—染色體跟從Hfr傳入的染色體片斷發(fā)生重組產(chǎn)生穩(wěn)定的重組型。
3.1.4. 溶原性轉(zhuǎn)變
這是一種與轉(zhuǎn)導(dǎo)相似但又有本質(zhì)不同的現(xiàn)象。首先是它的溫和型噬菌體不攜帶任何供體菌的基因，其次是這種噬菌體是正常的完整的，而不是異常情況下產(chǎn)生的缺陷型噬菌體。溶原轉(zhuǎn)變的典型例子是不產(chǎn)毒素的白喉棒狀桿菌(Lorynebactcerium diphthariac)，菌株被噬菌體侵染而發(fā)生溶原化時，會變成產(chǎn)毒素的致病菌株。其它如沙門氏菌、紅曲霉、鏈霉菌等也具有溶原轉(zhuǎn)變的能力。
圖5－16. 大腸桿菌的Hfr×F—雜交
3.2. 噬菌體的基因重組
噬菌體原來指細菌病毒，近年來發(fā)現(xiàn)真菌、藻類都有噬菌體。病毒屬于原核生物，是化學(xué)成份最簡單的生物，它沒有一般的細胞結(jié)構(gòu)，它的染色體和細菌一樣并不和蛋白質(zhì)結(jié)合在一起。它具有寄生專一性，只能在寄主細胞內(nèi)繁殖。它可以離開寄主細胞而存活，可是不能繁殖。由于病毒的簡單的體制和它與寄主細胞的特殊關(guān)系，它已成為分子遺傳學(xué)研究中最普遍采用的材料之一。病毒的研究對認識遺傳物質(zhì)的本質(zhì)有著重要的作用，在遺傳工程的研究中它也是一種重要的工具。
噬菌體就它的化學(xué)本質(zhì)來講，有RNA噬菌體、DNA噬菌體、單鏈?zhǔn)删w、雙鏈?zhǔn)删w等，就它和寄主的關(guān)系來講，可以分為烈性噬菌體和溫和性噬菌體兩大類。
3.2.1. 烈性噬菌體
20世紀40年代在大腸桿菌T2噬菌體中首次發(fā)現(xiàn)了噬菌體的基因重組。T2噬菌體有許多突變型，最早發(fā)現(xiàn)的有快速溶菌(r)、寄主范圍(h)、小形噬菌斑（m）等突變型。h可以感染野生型細菌和抗T2細菌 (用B／2表示)，h+只能感染野生型大腸桿菌B品系；r為快速溶菌突變型，能產(chǎn)生大噬菌斑，r+為遲緩溶菌，生成小的噬菌斑。當(dāng)h+r(寄主范圍正常，但具速溶性狀)和h r+(無速溶性狀，但寄主范圍擴大)兩種噬菌體同時感染大腸桿菌B品系，然后把子代噬菌體接種在同時長有大腸桿菌B和B／2兩種菌組成的混合菌平板上，結(jié)果出現(xiàn)四種不同的噬菌斑(圖5－17)。在四種噬菌斑中，透明而小(hr+)和半透明而大(h+r)是親本組合，半透明而小(h+r+)和透明而大(hr)是重組類型。
圖5－17. 噬菌體h+r-× h-r+產(chǎn)生的四種子裔噬菌體形成的噬菌斑
3.2.2. 溫和性噬菌體
溫和性噬菌體跟F因子一樣，宛如附加的細菌基因群，既能以自主的自我復(fù)制顆粒存在，也可以插入細菌染色體與其一起復(fù)制。λ噬菌體是最著名的溫和性噬菌體。
當(dāng)λ侵染大腸桿菌時，發(fā)生兩種反應(yīng)：一種是裂解性反應(yīng)，和烈性噬菌體侵染敏感細菌所進行的反應(yīng)相同。在寄主體內(nèi)，侵染的噬菌體DNA立即復(fù)制，合成頭部和尾部，裝配成成熟的噬菌體顆粒，裂解寄主細胞，釋放出幾百個成熟的噬菌體。另一種是溶源反應(yīng)。侵染的噬菌體進入寄主細胞后，其DNA可以整合到寄主細胞染色體上，成為細菌染色體的一部分，以原噬菌體形式存在于細胞中，使細菌溶源化，這種狀態(tài)的溫和噬菌體又稱為原噬菌體。受λ噬菌體侵染的大腸桿菌的裂解只是一小部分，其裂解的確切頻率部分依賴于噬菌體和寄主的基因型，部分依賴于侵染的環(huán)境條件，其余大部分細菌則進入溶源反應(yīng)。原噬菌體能夠自發(fā)的誘變成成熟的噬菌體顆粒而裂解寄主細胞，紫外線是一種有效的誘發(fā)因素。
3.3. 真核微生物的基因重組
真核微生物的基因重組方式有有性雜交、準(zhǔn)性生殖和無性生殖等：
3.3.1. 有性雜交
有性雜交是指在微生物的有性繁殖過程中，兩個性細胞相互接合，通過質(zhì)配、核配后形成雙倍體的合子，隨之合子進行減數(shù)分裂，部分染色體可能發(fā)生交換而進行隨機分配，由此而產(chǎn)生重組染色體及新的遺傳型，并把遺傳性狀按一定的規(guī)律性遺傳給后代的過程。凡是能產(chǎn)生有性孢子的酵母菌和霉菌，都能進行有性雜交。
有性雜交在生產(chǎn)實踐中被廣泛用于優(yōu)良品種的培育。在進行有性雜交時，首先要選擇雜交的親株，不但要考慮到性的親和性，還要考慮其標(biāo)記，以免在雜種鑒別時引起極大困難；其次，要考慮子囊孢子的形成條件，選用生孢子培養(yǎng)基，營造饑餓條件促進細胞發(fā)生減數(shù)分裂形成子囊孢子；另外，可以采用群體交配法、孢子雜交法、單倍體細胞交配法等進行有性雜交。群體交配法是將兩種不同交配型的單倍體酵母混合培養(yǎng)在麥芽汁中過夜，當(dāng)鏡檢時發(fā)現(xiàn)有大量的啞鈴型接合細胞時，就可以挑出接種微滴培養(yǎng)液中，培養(yǎng)形成二倍體細胞。孢子雜交法需借助顯微操縱器將不同親株的子囊孢子配對，進行微滴培養(yǎng)和濕室培養(yǎng)，使之發(fā)芽接合，形成合子，這種方法的優(yōu)點在于可以在顯微鏡下直接觀察到合子的形成，但這種方法需精密儀器，費工也大。單倍體細胞交配法與孢子雜交法類似，是用兩種交配型細胞配對放在微滴中培養(yǎng)，在顯微鏡下觀察合子形成，但此法的成功率較小。例如用于酒精發(fā)酵的酵母菌和用于面包發(fā)酵的酵母菌是同屬一種啤酒酵母(Saccharomyces cereuisiac)的兩個不同菌株，由于各自的特點，它們不能互用。而通過兩者的雜交，得到了產(chǎn)酒率既高，又對麥芽糖及葡萄糖的發(fā)酵能力強，產(chǎn)生C02多，生長快，可以用作面包廠和家用發(fā)酵酵母的優(yōu)良菌種。
3.3.2. 準(zhǔn)性生殖
準(zhǔn)性生殖是一種類似于有性生殖但比它更原始的一種生殖方式。它可使同一種生物的兩個不同來源的體細胞經(jīng)融合后，不經(jīng)過減數(shù)分裂和接合的交替，不產(chǎn)生有性孢子和特殊的囊器，僅導(dǎo)致低頻率的基因重組，重組體細胞和一般的營養(yǎng)體細胞沒有什么不同。準(zhǔn)性生殖多見于一般不具典型有性生殖的酵母和霉菌，尤其是半知菌中，其主要過程為：
菌絲聯(lián)結(jié) 發(fā)生聯(lián)結(jié)的頻率很低，常發(fā)生在一些形態(tài)上沒有區(qū)別的，但在遺傳性狀上有差別的兩個同種親本的體細胞(單倍體)間，。
形成異核體 當(dāng)兩個遺傳性狀不同的菌株的菌絲互相接觸時，通過菌絲的聯(lián)結(jié)，使細胞核由一根菌絲進入另一根菌絲，原有的兩個單倍體核集中到同一個細胞中，形成雙倍的異核體。異核體能獨立生活。
形成雜合二倍體 異核體的兩個不同遺傳性狀的細胞核融合在一起，產(chǎn)生雜合二倍體。它與異核體不同，與親本也不同，它的DNA含量約為單倍體的二倍，孢子體積約比單倍體孢子大一倍，其它一些性狀也有明顯區(qū)別，雜合二倍體相當(dāng)穩(wěn)定。核融合后產(chǎn)生雜合二倍體的頻率也是極低的，如構(gòu)巢曲霉和米曲霉為10-5～10-7。
體細胞重組和單倍體化 盡管雜合二倍體的無性繁殖很穩(wěn)定，但也有極少數(shù)細胞核在有絲分裂過程中染色體會發(fā)生交換和單倍體化，從而形成了極個別的具有新遺傳性狀的單倍體雜合子。如果對雜合二倍體用紫外線、γ射線或氮芥等化學(xué)誘變劑進行處理，就會促進染色體斷裂、畸變或?qū)е氯旧w在兩個子細胞中的分配不均，因而有可能產(chǎn)生有不同性狀組合的單倍體雜合子。
準(zhǔn)性生殖為一些沒有有性繁殖過程但有重復(fù)生產(chǎn)價值的半知菌及其它微生物的育種，提供了重要的手段。如霉菌中醬油曲霉、黑曲霉等已雜交成功。
基因重組有原核微生物的接合和F因子轉(zhuǎn)導(dǎo)，通過雙親細胞的接觸溝通，涉及部分染色體基因的重組；有原核微生物的轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)，雙親細胞不經(jīng)接觸，僅涉及個別或少數(shù)基因的重組；還有真核微生物的有性雜交、準(zhǔn)性生殖，通過雙親細胞的融合，涉及整套染色體基因的重組；此外，原生質(zhì)體融合是破壁后的原生質(zhì)體細胞在一定條件下互相融合，實現(xiàn)遺傳物質(zhì)的重組；而DNA重組技術(shù)則是在體外對DNA修飾改變后，設(shè)法引入受體細胞再實現(xiàn)基因重組。
3.1. 原核生物的基因重組
原核生物的遺傳物質(zhì)傳遞的方式有：有轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)導(dǎo)、接合和溶原性轉(zhuǎn)變等四種方式。
3.1.1. 轉(zhuǎn)化(transformation)
轉(zhuǎn)化是指一個種或品系的生物（受體菌）吸收來自另一個種或品系生物（供體菌）的遺傳物質(zhì)（DNA片段），通過交換組合把它整和到自己的基因組中去，從而獲得了后者某些遺傳性狀的現(xiàn)象。轉(zhuǎn)化后的受體菌稱為轉(zhuǎn)化子，供體菌的DNA片段稱為轉(zhuǎn)化因子。呈質(zhì)粒狀態(tài)的轉(zhuǎn)化因子轉(zhuǎn)化頻率最高。能被轉(zhuǎn)化的細菌包括革蘭氏陽性細菌和革蘭氏陰性細菌，但受體細胞只有在感受態(tài)的情況下才能吸收轉(zhuǎn)化因子。
感受態(tài)是指細胞能從環(huán)境中接受轉(zhuǎn)化因子的這一生理狀態(tài)。處于感受態(tài)的細菌，其吸收DNA的能力比一般細菌大1000倍。感受態(tài)可以產(chǎn)生，也可以消失，它的出現(xiàn)受菌株的遺傳特性、生理狀態(tài)（如菌齡等）、培養(yǎng)環(huán)境等的影響。例如肺炎雙球菌的感受態(tài)出現(xiàn)在對數(shù)生長期的中后期，枯草芽孢桿菌等細菌則出現(xiàn)在對數(shù)期末和穩(wěn)定初期。轉(zhuǎn)化時培養(yǎng)環(huán)境中加入環(huán)腺苷酸(cAMP)可以使感受態(tài)水平提高104倍。
轉(zhuǎn)化因子的吸附、吸收和整合：不論是否處于感受態(tài)細菌都能吸附DNA，但只有處在感受態(tài)的細菌，其吸附的DNA才被吸收。受體細胞吸附的轉(zhuǎn)化因子，必須是雙鏈的DNA，且DNA分子的相對分子質(zhì)量不小于3×105 ，但轉(zhuǎn)化時只有一條鏈進入受體細胞，而另一條鏈被細胞表面的核酸外切酶分解。具體轉(zhuǎn)化過程如下：先從供體菌提取DNA片段，接著DNA片段與感受態(tài)受體菌的細胞表面特定位點結(jié)合，在結(jié)合位點上，DNA片段中的一條單鏈逐步降解為核苷酸和無機磷酸而解體，另一條鏈逐步進入受體細胞，這是一個消耗能量的過程。進入受體細胞的DNA單鏈與受體菌染色體組上同源區(qū)段配對，而受體菌染色體組的相應(yīng)單鏈片段被切除，并被進入受體細胞的單鏈DNA所取代，隨后修復(fù)合成，連接成部分雜合雙鏈。然后受體菌染色體進行復(fù)制，其中雜合區(qū)段被分離成兩個，一個類似供體菌，一個類似受體菌。當(dāng)細胞分裂時，此染色體發(fā)生分離，形成一個轉(zhuǎn)化子。
影響轉(zhuǎn)化效率的因素：受體細胞的感受態(tài)，它決定轉(zhuǎn)化因子能否被吸收進入受體細胞；受體細胞的限制酶系統(tǒng)和其他核酸酶，它們決定轉(zhuǎn)化因子在整合前是否被分解；受體和供體染色體的同源性，它決定轉(zhuǎn)化因子的整合。
在原核微生物中，轉(zhuǎn)化是一種比較普遍的現(xiàn)象，除肺炎雙球菌外，目前還在
嗜血桿菌屬、芽孢桿菌屬、奈氏桿菌屬、葡萄球菌屬、假單孢桿菌屬、黃單孢桿菌屬等以及若干放線菌和藍細菌中發(fā)現(xiàn)具有轉(zhuǎn)化現(xiàn)象。另外，真核微生物如酵母、粗糙鏈孢霉和黑曲霉中也發(fā)現(xiàn)了轉(zhuǎn)化現(xiàn)象。
3.1.2. 轉(zhuǎn)導(dǎo)(transduction)
轉(zhuǎn)導(dǎo)是以噬菌體為媒介，把一個菌株的遺傳物質(zhì)導(dǎo)入另一個菌株，并使這個菌株獲得另一個菌株遺傳性狀。轉(zhuǎn)導(dǎo)又分為普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)和特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)。
普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)(generalized transduction)是指轉(zhuǎn)導(dǎo)型噬菌體能傳遞供體菌株任何基因。如大腸桿菌P1噬菌體、枯草桿菌PBS1噬菌體、傷寒沙門氏菌的P22噬菌體等都能進行普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)。它的轉(zhuǎn)導(dǎo)頻率為10-5~10-8。能進行普遍轉(zhuǎn)導(dǎo)的噬菌體，含有一個使供體菌株染色體斷裂的酶。當(dāng)噬菌體DNA被噬菌體蛋白外殼包裹時，正常情況下，是將噬菌體本身的DNA包裹進蛋白衣殼內(nèi)，但也有異常情況出現(xiàn)，供體染色體DNA (通常和噬菌體DNA長度相似)偶然錯誤地被包進噬菌體外殼，而噬菌體本身的DNA卻沒有完全包進去，裝有供體染色體片段的噬菌體稱為轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒。轉(zhuǎn)導(dǎo)顆�？梢愿腥臼荏w菌株，并把供體DNA注入受體細胞內(nèi)，與受體細胞的DNA進行基因重組，形成部分二倍體。通過重組，供體基因整合到受體細胞的染色體上，從而使受體細胞獲得供體菌的遺傳性狀，產(chǎn)生變異，形成穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子，這種轉(zhuǎn)導(dǎo)稱為完全轉(zhuǎn)導(dǎo)(如圖5－12)。在普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)中，有時轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體DNA不一定都能整合到受體染色體上，產(chǎn)生穩(wěn)定轉(zhuǎn)導(dǎo)子，更多的則是轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體染色體不能整合到受體染色體上，也不能復(fù)制，但可以表達，這種轉(zhuǎn)導(dǎo)稱為流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)。
圖5－12. 沙門氏菌的普遍性轉(zhuǎn)導(dǎo)
在一次轉(zhuǎn)導(dǎo)中流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)往往多于完全轉(zhuǎn)導(dǎo)的細胞。在流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)的情況下，轉(zhuǎn)導(dǎo)子細胞每分裂一次，轉(zhuǎn)導(dǎo)來的供體染色體片段只傳給兩個子細胞中的一個。這樣一代一代的分裂下去，供體染色體片段便一直沿著單個細胞單線傳遞下去，稱為單線傳遞(如圖5－13)。
特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)(specialized transduction)是指噬菌體只能轉(zhuǎn)導(dǎo)供體染色體上某些特定的基因。它的轉(zhuǎn)導(dǎo)頻率為10-6。特異性轉(zhuǎn)導(dǎo)是在大腸桿菌K12的溫和型噬菌
圖5－13. 流產(chǎn)轉(zhuǎn)導(dǎo)中所形成的微小菌落示意圖
細胞中的長線表示染色體，短線表示由轉(zhuǎn)導(dǎo)噬菌體引入的野生型基因，
黑點表示酶分子，虛線范圍內(nèi)是一個菌落中的全部細菌
體（λ）中首次發(fā)現(xiàn)的，它只能轉(zhuǎn)導(dǎo)大腸桿菌染色體上半乳糖發(fā)酵基因(ga1)和生物素基因（bio）。當(dāng)λ噬菌體侵入大腸桿菌K12后，使其溶源化，λ原噬菌體的核酸被整合到大腸桿菌DNA特定位置上，即gal基因和bio基因座位的附近。λ噬菌體可以通過附著位置間一次切離，從細菌染色體上脫落下來，偶而在噬菌體和細菌染色體之間發(fā)生不正常交換，誘發(fā)產(chǎn)生轉(zhuǎn)導(dǎo)型噬菌體，帶有細菌染色體基因gal或基因bio(如圖5－14)，而噬菌體的部分染色體（大約25％的噬菌體DNA）被留在細菌染色體上，形成帶有g(shù)a1基因或bio基因的噬菌體。其中帶有g(shù)a1基因的轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒稱為λdga1，d表示缺陷的意思。這種轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒不能獨立復(fù)制，當(dāng)它侵染敏感細菌時，不能產(chǎn)生侵染性子代。
圖5－14. 轉(zhuǎn)導(dǎo)噬菌體形成過程
圖5－15. λdga1+通過lac基因位置的交換所形成的轉(zhuǎn)導(dǎo)子
A表示兩次交換產(chǎn)生穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子 B表示一次交換產(chǎn)生不穩(wěn)定的轉(zhuǎn)導(dǎo)子
λdga1轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒導(dǎo)入gal-受體菌后產(chǎn)生兩種情況(如圖5－15)，一種是形成穩(wěn)定的、非溶源性的轉(zhuǎn)導(dǎo)子，約占1／3。λdga1所帶的ga1+基因通過lac基因位置的兩次交換，永遠取代gal-基因，得到ga1+轉(zhuǎn)導(dǎo)子；另一種轉(zhuǎn)導(dǎo)子是不穩(wěn)定的，約占2／3。它是λdga1轉(zhuǎn)導(dǎo)顆粒通過lac基因位置的一次交換，使ga1+基因整合到受體染色體的gal-基因旁，這樣受體細胞中除gal-基因外，還有λdga1噬菌體的ga1+基因，其基因型是λdga1+gal-，也稱雜基因子，其后代都能分離出gal-細菌。
3.1.3. 接合(conjugation)
接合是通過供體菌和受體菌的直接接觸傳遞遺傳物質(zhì)。接合有時也稱雜交，接合不僅存在于大腸桿菌中，還存在于其他細菌中，如鼠傷寒沙門氏菌。
F因子 在細菌中，接合現(xiàn)象研究最清楚的是大腸桿菌。大腸桿菌的接合與其細菌表面的性纖毛有關(guān)，大腸桿菌有雄性和雌性之分，而決定它們性別的是F因子的有無。F因子又稱致育因子，能促使兩個細胞之間的接合，是一種質(zhì)粒。其遺傳組成包括三個部分：原點（是轉(zhuǎn)移的起點）、致育基因群、配對區(qū)域。F因子約有6×104對核苷酸組成，相對分子質(zhì)量為5×107， 約占大腸桿菌總DNA含量的2％。F因子具有自主地與細菌染色體進行同步復(fù)制和轉(zhuǎn)移到其他細胞中去的能力。它既可以脫離染色體在細胞內(nèi)獨立存在，也可以整合到染色體基因組上；它既可以通過接合而獲得，也可以通過理化因素的處理而從細胞中消除。
臍狀雌性細菌不含F(xiàn)因子，稱為F—菌株，雄性含有F因子，并且根據(jù)F因子在細胞中存在情況的不同而有不同名稱。一種是游離在細胞染色體之外，為自主復(fù)制的小環(huán)狀DNA分子，這樣的細菌稱為F+菌株；另一種狀態(tài)是F因子整合在細菌染色體上，成為細菌染色體的一部分，隨同染色體一起復(fù)制，這種細菌稱為Hfr菌株(high frequency recombination)，即高頻重組菌株；還有一種狀態(tài)是F因子能被整合到細胞核DNA上，也能從上面脫落下來，呈游離存在，但在脫落時，F(xiàn)因子有時能帶一小段細胞核DNA，這種含有游離存在的但又帶有一小段細胞核DNA的F因子的細菌稱為F’菌株。上述三種雄性菌株與雌性菌株接合時，將產(chǎn)生三種不同的結(jié)果：
F+×F— 當(dāng)F+和F—細胞混合在一起時，不同類型的細胞，只要幾分鐘，便成對地連在一起，即所有F+細胞跟F—細胞配好對，同時在細胞間形成一個很細的接合管。F因子穿過接合管，進入F—細胞，使其轉(zhuǎn)變?yōu)镕+ 菌株。具體過程為：F+ 菌株的F因子的一條DNA單鏈在特定的位置上發(fā)生斷裂，斷裂的單鏈逐漸解開，同時留下另一條環(huán)狀單鏈為模板，通過模板的旋轉(zhuǎn)，一方面解開的一條單鏈通過性纖毛而推入F—菌株中，另一方面，又在供體細胞內(nèi)，重新組合成一條新的環(huán)狀單鏈，以取代解開的單鏈，此即為滾環(huán)模型。在F—菌株細胞中，外來的供體DNA單鏈上也合成一條互補的新DNA鏈，并隨之恢復(fù)成一條環(huán)狀的雙鏈F因子，這樣，F(xiàn)—就變成了F+ 菌株。在F+× F—雜交中，雖然F因子以很高的頻率傳遞，但給體遺產(chǎn)標(biāo)記的傳遞則是十分稀少的（只有10-6~10-7）。
F’×F— F’菌株與F—菌株的接合過程同F(xiàn)+與F—菌株的接合過程，接合后，產(chǎn)生二個F’菌株。
Hfr×F— 當(dāng)Hfr細菌與 F—細菌混合時，兩細胞接合配對，接著從Hfr細胞把染色體通過接合管定向轉(zhuǎn)移給F—細胞。Hfr菌株與F—菌株接合的情況比較復(fù)雜，接合結(jié)果也不完全一樣（圖5－16）。在大多數(shù)情況下，受體細菌仍是F—菌株，只有在極少數(shù)情況下，由于遺傳物質(zhì)轉(zhuǎn)移的完整，受體細胞才能成為Hfr菌株。其原因如下：當(dāng)Hfr菌株與F—菌株發(fā)生接合時，Hfr染色體在F因子處發(fā)生斷裂，由環(huán)狀變成線狀。緊接著，由于F因子位于線狀染色體之后，處于末端，所以必然要等Hfr的整條染色體全部轉(zhuǎn)移完后，F(xiàn)因子才能進入到F—細胞。而由于一些因素的影響，在轉(zhuǎn)移過程中，Hfr染色體常常發(fā)生斷裂，因此Hfr菌株的許多基因雖然可以進入F—菌株，越是前端的基因，進入的機會越多，在F—菌株中出現(xiàn)重組子的時間就越早，頻率也高。而對于F因子，其進入F—菌株的機會很少，引起性別變化的可能性也非常小。這樣Hfr與F—菌株接合的結(jié)果重組頻率雖高，但卻很少出現(xiàn)F+菌株。
(1)具有組入F因子(用波狀線表示)的Hfr細胞跟F—細胞配對。雙重圓圈表示構(gòu)成細菌染色體的雙螺旋DNA。(2)接合管形成，Hfr 染色體從F插入點附近的起始位置(i)開始復(fù)制。親本DNA 的一條鏈穿過按合附近的起始位置 (i)開始復(fù)制。親本DNA的一條鏈穿過接合管進入受體細胞。(3)在復(fù)制和傳遞過程中，正在交配的細菌分開，形成一個F—部分合子或部分雙倍體細胞。在F—細胞中大概還合成了DNA的一條互補鏈。 (4)F—染色體跟從Hfr傳入的染色體片斷發(fā)生重組產(chǎn)生穩(wěn)定的重組型。
3.1.4. 溶原性轉(zhuǎn)變
這是一種與轉(zhuǎn)導(dǎo)相似但又有本質(zhì)不同的現(xiàn)象。首先是它的溫和型噬菌體不攜帶任何供體菌的基因，其次是這種噬菌體是正常的完整的，而不是異常情況下產(chǎn)生的缺陷型噬菌體。溶原轉(zhuǎn)變的典型例子是不產(chǎn)毒素的白喉棒狀桿菌(Lorynebactcerium diphthariac)，菌株被噬菌體侵染而發(fā)生溶原化時，會變成產(chǎn)毒素的致病菌株。其它如沙門氏菌、紅曲霉、鏈霉菌等也具有溶原轉(zhuǎn)變的能力。
圖5－16. 大腸桿菌的Hfr×F—雜交
3.2. 噬菌體的基因重組
噬菌體原來指細菌病毒，近年來發(fā)現(xiàn)真菌、藻類都有噬菌體。病毒屬于原核生物，是化學(xué)成份最簡單的生物，它沒有一般的細胞結(jié)構(gòu)，它的染色體和細菌一樣并不和蛋白質(zhì)結(jié)合在一起。它具有寄生專一性，只能在寄主細胞內(nèi)繁殖。它可以離開寄主細胞而存活，可是不能繁殖。由于病毒的簡單的體制和它與寄主細胞的特殊關(guān)系，它已成為分子遺傳學(xué)研究中最普遍采用的材料之一。病毒的研究對認識遺傳物質(zhì)的本質(zhì)有著重要的作用，在遺傳工程的研究中它也是一種重要的工具。
噬菌體就它的化學(xué)本質(zhì)來講，有RNA噬菌體、DNA噬菌體、單鏈?zhǔn)删w、雙鏈?zhǔn)删w等，就它和寄主的關(guān)系來講，可以分為烈性噬菌體和溫和性噬菌體兩大類。
3.2.1. 烈性噬菌體
20世紀40年代在大腸桿菌T2噬菌體中首次發(fā)現(xiàn)了噬菌體的基因重組。T2噬菌體有許多突變型，最早發(fā)現(xiàn)的有快速溶菌(r)、寄主范圍(h)、小形噬菌斑（m）等突變型。h可以感染野生型細菌和抗T2細菌 (用B／2表示)，h+只能感染野生型大腸桿菌B品系；r為快速溶菌突變型，能產(chǎn)生大噬菌斑，r+為遲緩溶菌，生成小的噬菌斑。當(dāng)h+r(寄主范圍正常，但具速溶性狀)和h r+(無速溶性狀，但寄主范圍擴大)兩種噬菌體同時感染大腸桿菌B品系，然后把子代噬菌體接種在同時長有大腸桿菌B和B／2兩種菌組成的混合菌平板上，結(jié)果出現(xiàn)四種不同的噬菌斑(圖5－17)。在四種噬菌斑中，透明而小(hr+)和半透明而大(h+r)是親本組合，半透明而小(h+r+)和透明而大(hr)是重組類型。
圖5－17. 噬菌體h+r-× h-r+產(chǎn)生的四種子裔噬菌體形成的噬菌斑
3.2.2. 溫和性噬菌體
溫和性噬菌體跟F因子一樣，宛如附加的細菌基因群，既能以自主的自我復(fù)制顆粒存在，也可以插入細菌染色體與其一起復(fù)制。λ噬菌體是最著名的溫和性噬菌體。
當(dāng)λ侵染大腸桿菌時，發(fā)生兩種反應(yīng)：一種是裂解性反應(yīng)，和烈性噬菌體侵染敏感細菌所進行的反應(yīng)相同。在寄主體內(nèi)，侵染的噬菌體DNA立即復(fù)制，合成頭部和尾部，裝配成成熟的噬菌體顆粒，裂解寄主細胞，釋放出幾百個成熟的噬菌體。另一種是溶源反應(yīng)。侵染的噬菌體進入寄主細胞后，其DNA可以整合到寄主細胞染色體上，成為細菌染色體的一部分，以原噬菌體形式存在于細胞中，使細菌溶源化，這種狀態(tài)的溫和噬菌體又稱為原噬菌體。受λ噬菌體侵染的大腸桿菌的裂解只是一小部分，其裂解的確切頻率部分依賴于噬菌體和寄主的基因型，部分依賴于侵染的環(huán)境條件，其余大部分細菌則進入溶源反應(yīng)。原噬菌體能夠自發(fā)的誘變成成熟的噬菌體顆粒而裂解寄主細胞，紫外線是一種有效的誘發(fā)因素。
3.3. 真核微生物的基因重組
真核微生物的基因重組方式有有性雜交、準(zhǔn)性生殖和無性生殖等：
3.3.1. 有性雜交
有性雜交是指在微生物的有性繁殖過程中，兩個性細胞相互接合，通過質(zhì)配、核配后形成雙倍體的合子，隨之合子進行減數(shù)分裂，部分染色體可能發(fā)生交換而進行隨機分配，由此而產(chǎn)生重組染色體及新的遺傳型，并把遺傳性狀按一定的規(guī)律性遺傳給后代的過程。凡是能產(chǎn)生有性孢子的酵母菌和霉菌，都能進行有性雜交。
有性雜交在生產(chǎn)實踐中被廣泛用于優(yōu)良品種的培育。在進行有性雜交時，首先要選擇雜交的親株，不但要考慮到性的親和性，還要考慮其標(biāo)記，以免在雜種鑒別時引起極大困難；其次，要考慮子囊孢子的形成條件，選用生孢子培養(yǎng)基，營造饑餓條件促進細胞發(fā)生減數(shù)分裂形成子囊孢子；另外，可以采用群體交配法、孢子雜交法、單倍體細胞交配法等進行有性雜交。群體交配法是將兩種不同交配型的單倍體酵母混合培養(yǎng)在麥芽汁中過夜，當(dāng)鏡檢時發(fā)現(xiàn)有大量的啞鈴型接合細胞時，就可以挑出接種微滴培養(yǎng)液中，培養(yǎng)形成二倍體細胞。孢子雜交法需借助顯微操縱器將不同親株的子囊孢子配對，進行微滴培養(yǎng)和濕室培養(yǎng)，使之發(fā)芽接合，形成合子，這種方法的優(yōu)點在于可以在顯微鏡下直接觀察到合子的形成，但這種方法需精密儀器，費工也大。單倍體細胞交配法與孢子雜交法類似，是用兩種交配型細胞配對放在微滴中培養(yǎng)，在顯微鏡下觀察合子形成，但此法的成功率較小。例如用于酒精發(fā)酵的酵母菌和用于面包發(fā)酵的酵母菌是同屬一種啤酒酵母(Saccharomyces cereuisiac)的兩個不同菌株，由于各自的特點，它們不能互用。而通過兩者的雜交，得到了產(chǎn)酒率既高，又對麥芽糖及葡萄糖的發(fā)酵能力強，產(chǎn)生C02多，生長快，可以用作面包廠和家用發(fā)酵酵母的優(yōu)良菌種。
3.3.2. 準(zhǔn)性生殖
準(zhǔn)性生殖是一種類似于有性生殖但比它更原始的一種生殖方式。它可使同一種生物的兩個不同來源的體細胞經(jīng)融合后，不經(jīng)過減數(shù)分裂和接合的交替，不產(chǎn)生有性孢子和特殊的囊器，僅導(dǎo)致低頻率的基因重組，重組體細胞和一般的營養(yǎng)體細胞沒有什么不同。準(zhǔn)性生殖多見于一般不具典型有性生殖的酵母和霉菌，尤其是半知菌中，其主要過程為：
菌絲聯(lián)結(jié) 發(fā)生聯(lián)結(jié)的頻率很低，常發(fā)生在一些形態(tài)上沒有區(qū)別的，但在遺傳性狀上有差別的兩個同種親本的體細胞(單倍體)間，。
形成異核體 當(dāng)兩個遺傳性狀不同的菌株的菌絲互相接觸時，通過菌絲的聯(lián)結(jié)，使細胞核由一根菌絲進入另一根菌絲，原有的兩個單倍體核集中到同一個細胞中，形成雙倍的異核體。異核體能獨立生活。
形成雜合二倍體 異核體的兩個不同遺傳性狀的細胞核融合在一起，產(chǎn)生雜合二倍體。它與異核體不同，與親本也不同，它的DNA含量約為單倍體的二倍，孢子體積約比單倍體孢子大一倍，其它一些性狀也有明顯區(qū)別，雜合二倍體相當(dāng)穩(wěn)定。核融合后產(chǎn)生雜合二倍體的頻率也是極低的，如構(gòu)巢曲霉和米曲霉為10-5～10-7。
體細胞重組和單倍體化 盡管雜合二倍體的無性繁殖很穩(wěn)定，但也有極少數(shù)細胞核在有絲分裂過程中染色體會發(fā)生交換和單倍體化，從而形成了極個別的具有新遺傳性狀的單倍體雜合子。如果對雜合二倍體用紫外線、γ射線或氮芥等化學(xué)誘變劑進行處理，就會促進染色體斷裂、畸變或?qū)е氯旧w在兩個子細胞中的分配不均，因而有可能產(chǎn)生有不同性狀組合的單倍體雜合子。
準(zhǔn)性生殖為一些沒有有性繁殖過程但有重復(fù)生產(chǎn)價值的半知菌及其它微生物的育種，提供了重要的手段。如霉菌中醬油曲霉、黑曲霉等已雜交成功。