一、基因芯片
1、基因芯片綜合分析軟件。
ArrayVision 7.0 一種功能強大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進行圖像分析，還可以進行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強大，商業(yè)版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，該公司的gelpro, imagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件。
J-express 挪威Bergen大學編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運行。
2、 基因芯片閱讀圖像分析軟件
ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。
3、 基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件
Cluster 斯坦福的對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進行各種簇（Cluster）分析與其它各種處理的軟件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanford大學編制。
4．基因芯片聚類圖形顯示
TreeView 1.5 斯坦福開發(fā)的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果�，F(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標準軟件。
FreeView 是基于JAVA語言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強了某些功能。
5．基因芯片引物設(shè)計
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二級結(jié)構(gòu)
RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。
RNAdraw 是一個進行RNA二級結(jié)構(gòu)計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。
loopDloop 2.07b Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機。
Circles 0.1.0 Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機。
三、序列綜合分析
Vector NTI Suite 8.0 不喜歡裝備各種專業(yè)性強的軟件，而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數(shù)據(jù)庫管理（增加、修改、查找），對要操作的數(shù)據(jù)放在一個界面相同的數(shù)據(jù)庫中統(tǒng)一管理。軟件中的大部分分析可以通過在數(shù)據(jù)庫中進行選定（數(shù)據(jù)）->分析->結(jié)果（顯示、保存和入庫）三步完成。在分析主界面，軟件可以對核酸蛋白分子進行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析和操作，生成重組分子策略和實驗方法，進行限制酶片段的虛擬電泳，新建輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋，輸出高質(zhì)量的圖像。Vector NTI Suite還有以下獨立的分析程序，完成相關(guān)分析。這些獨立的程序，可以通過選定->分析->結(jié)果三步調(diào)用。
l 3DMol－顯示PDB格式分子的三維結(jié)構(gòu)
l Align X－序列相似性比較
l Align Xblocks－序列局部完全相同比較
l ContigExpress－將小片段拼裝成長序列
l GCGConverter－GCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具
l Matrix Editor－矩陣數(shù)據(jù)編輯
l Tools Manager－連接其他程序和網(wǎng)絡(luò)連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七個模塊組成，該軟件的MegAlign模塊，可以對多達64000的片段進行拼裝。整個拼裝過程即時顯示，并提示可能的完成時間。拼裝結(jié)果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學醫(yī)學院是使用的序列分析軟件，可見其功能強大。
Omiga 2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)�？蓮腗acVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DS gene 是GCG的個人機簡版，功能強大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vector NTI的界面影響，DS gene 與Omiga 2.0相比界面有了很大的改變。
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風格也改變了很多。
DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列，而不必通過它們的文件名。
Bioedit一個具有序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點連接。雖然該軟件看起來結(jié)構(gòu)簡單，但卻又很強的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不簡單，可以用來進行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進行BLAST，研究項目管理等。操作十分簡單，只需拖動與點擊便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不及vect NTI 和DS gene 強大，它具有repeat /vect find 使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）,翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequence assembly）.易學易用，操作方便。
四、限制酶切位點分析
DNAssist2.0 大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）。
五、質(zhì)粒繪圖
Gene Construction Kit 2.0 這一個非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細的使用幫助，認真研究后，應(yīng)該沒有問題。
Winplas 2.6 該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強大，功能包括：位點標簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。
Plasmid Premier2.02 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點以及參考文獻等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進行未知質(zhì)粒的設(shè)計。
Redasoft Visual Cloning 2000 用來幫助生命科學家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊�？蛇x擇的圖形比例尺使幾個構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序。可以用e-mail的方式傳遞載體圖。
SimVector 質(zhì)粒圖繪制軟件，繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖與序列、載體圖。
Clone Manager 小巧的研究人員日常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質(zhì)粒作圖等。
六、引物分析
Primer Premier 5.0 顧名思義，該軟件就是用來進行引物設(shè)計的�？梢院唵蔚赝ㄟ^手動拖動鼠標以擴增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進行這些操作非常簡單
Oligo 6.57 引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。
Primer D'Signer 1.1 免費的引物設(shè)計輔助軟件，專門用于pASK-IBA和pPR-IBA表達載體，簡化引物設(shè)計工作。
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer 1.01 PCR定量分析分子信標(Molecular beacon )設(shè)計軟件
NetPrimer 于WEB界面的引物設(shè)計程序，1.8M，包括JAVA程序和幫助文件，解壓后，可在本地直接使用，不須再連到原始網(wǎng)站使用。
七、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析
ANTHEPROT 4.5 是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
Peptool, 與genetool同出一家，可以進行氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，motif的尋找，酶切片斷的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析。是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。
VHMPT （Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓撲結(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件，可以自動生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓撲結(jié)構(gòu)，并可對拓撲結(jié)構(gòu)進行交互編輯。由**生物醫(yī)學科學研究所的黃明經(jīng)博士編制。安裝Tcl 8.0 (2.6M)方可運行。
MACAW 序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點： 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。 2. 應(yīng)用一個最近發(fā)展的數(shù)學原理計算block類似性的統(tǒng)計學顯著性。 3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。 4． 可以很容易地編輯每一個block。
八、凝膠分析軟件
BandScan 4.30 通用的電泳膠條帶定量分析軟件，手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規(guī)則的，可以清除背景。進行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。直接使用掃描儀。將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。
band leader 3.0 小巧的凝膠圖像分析軟件。
TotalLab 2.0 是一個全智能化的凝膠分析軟件，對DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像可以進行很方便的處理。功能齊全，很容易上手。
Quantityone ： bio-rad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各種產(chǎn)品，界面華麗，能夠生成報告，具有大公司的風范。
QuantiScan 2.1 功能單一的1D凝膠分析軟件，但經(jīng)評測能夠及其準確的測量出各個條帶的分子量。
Gel-Pro Analyzer Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，一向以提供專業(yè)級的分析軟件而著稱。
SigmaGel 1.0 SPSS公司凝膠分析產(chǎn)品。
Melanie 3 Viewer Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件獲得的凝膠圖片與相關(guān)數(shù)據(jù)，也包括一些有限的凝膠數(shù)據(jù)分析功能。
PDQuest 6.2.1 bio-rad公司一個分析2維凝膠并生成數(shù)據(jù)庫的標準軟件。使用它，可以同時分析100個凝膠圖像，生成包含1000個凝膠圖像的數(shù)據(jù)庫。
九、三維結(jié)構(gòu)顯示
RasMol 2.7 是計算化學與分子圖形學以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Internet上的各種免費數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標文件，進而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點是界面簡單，基本操作簡單，運行非常迅速，對機器的要求較低，對小的有機分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
CHIME 2.6 IE與NetScape瀏覽器插件,安裝后,可以直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件,直接在瀏覽器中觀看3D分子。
ICMLite 維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡化版,免費推出， 但功能十分強大。可讀取PDB格式及其他數(shù)種格式的分子文件,易于操作,顯示的分子圖像我認為優(yōu)于RasMol,值得一試。還可以進行一些計算操作。
POV-Ray 3.5 是一個高質(zhì)量、完全免費創(chuàng)造最棒三維圖像的非常有名的工具，用在分子生物學上，便是用它生成高質(zhì)量的三維大分子圖像。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。運算POV格式文件，生成三維圖形，非常棒。該軟件相當于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達1280*1024。圖象質(zhì)量精美。
DS viewer pro 5.0 Accerlys公司Discovery studio系列中的一員。
3D-mol viewer, 帶動windows系統(tǒng)下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。
Cn3D 是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結(jié)構(gòu)窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠?qū)蓚�蛋白放在一起直觀地進行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer， 是一個界面非常友好的應(yīng)用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時分析幾個蛋白PDB文件�？梢詫讉�蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點或其它有關(guān)位點。通過菜單操作與直觀的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。該軟件與Swiss-Model服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到Swiss-Model服務(wù)器進行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。而且，該軟件可以調(diào)用POV-Ray軟件（見上）生成質(zhì)量非常高的蛋白圖像。
Molmol 主要用來進行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來進行3維分子的簡單顯示�？蓪DB格式輸出為POV格式后，用POV-RAY進行渲染，生成非常漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。不知是否有取巧的辦法。
十、生物顯微圖像分析
Scion Image 是一個優(yōu)秀的免費圖像處理與分析工具。是非常流行的蘋果機上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用來顯示編輯分析各種圖像。 讀取格式為 TIFF 與BMP格式,是一個專業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學處理，這點從研發(fā)單位便可看出。生物學工作者處理圖像必備。
SigmaScan Pro 5.0 是一個有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進行分析，得出科學結(jié)論。
Image-Pro Plus Version 4.5 Media Cybernetics公司的專業(yè)產(chǎn)品，不僅可以進行顯微分析，還可也進行其他科學分析。
十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計類軟件
SAS世界排名第一，專業(yè)性極強，能做各種統(tǒng)計，是FDA唯一批準有效的統(tǒng)計軟件。但人機對話不方便，主要是類似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改進，鼠標操作性較好，若今后能進一步改進操作的話，其應(yīng)用將大大廣泛。是專業(yè)統(tǒng)計人員的首選軟件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特點：功能強大，易于操作，簡單明了，人機對話方便，數(shù)據(jù)庫接口豐富，最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù)，是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運行速度慢的缺點。11.0運行速度是 10.0的十倍以上，主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計功能只在advance版中才出現(xiàn)，如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計，而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計并沒有（可能為了便于安裝使用吧，11.0的basic版約60M，standard約110M-150M,而高級版本則幾百M。象SAS完成安裝則達6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS origin6.0一個統(tǒng)計，一個作圖，而且二者數(shù)據(jù)可以通用，效果很好！在我的主頁的站點導(dǎo)航 statisitic：最新10.0，運行速度最快，模塊化操作，不同統(tǒng)計數(shù)據(jù)有不同界面風格，使用方便，目前國內(nèi)有很多用戶。但其知名度在前二者之下，對一般用戶可以考慮選用。
Origin 7.0 是一個非常有名并且易于使用的科學用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件，各種期刊上的統(tǒng)計圖，幾乎都是出自他的手筆。
以上的軟件過于強大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計作圖，更適合生物學的數(shù)據(jù)分析：
GraphPad Prism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來進行生物學統(tǒng)計、曲線擬合以及作圖。短小而功能齊全。
SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計分析。進行一般的生物類數(shù)據(jù)處理作圖，功能足以。
Simstat 一個易于使用的智能統(tǒng)計軟件尤其適合對統(tǒng)計知識了解不多的人使用，它具有一個“專家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析�？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。
CurveExpert ELISA標準曲線擬合、及其它各種有關(guān)的實驗數(shù) 據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便， 可以說是實驗數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線應(yīng)用到論文之中。
十二、文獻管理
reference Manager 10.0 可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻可以格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換.
Endnote6.0 專業(yè)參考文獻查詢軟件，可在線查找Ineternet上的各種文獻數(shù)據(jù)庫，將查找到的資料保存入本地數(shù)據(jù)庫，并自動生成格式化的參考文獻清單插入各種文字處理軟件。
十三、進化樹分析
Phylip 最為通用的進化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件。 iii，對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv，把序列的每個堿基/氨基酸獨立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時，對序列進行分析的軟件。v，按照DOLLO簡約性算法對序列進行分析的軟件。vi，繪制和修改進化樹的軟件。
PUZZLE 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進化樹，一個軟件，并且對樹進行bootstrap評估�？蓪Υ罅繑�(shù)據(jù)進行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個統(tǒng)計測試。
Paup 一種功能強大的商業(yè)版系統(tǒng)進化分析軟件，據(jù)稱價值一萬大洋。
1、基因芯片綜合分析軟件。
ArrayVision 7.0 一種功能強大的商業(yè)版基因芯片分析軟件，不僅可以進行圖像分析，還可以進行數(shù)據(jù)處理，方便protocol的管理功能強大，商業(yè)版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，該公司的gelpro, imagepro一直以精確成為同類產(chǎn)品中的佼佼者，相信arraypro也不會差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片綜合分析軟件。
J-express 挪威Bergen大學編寫，是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，界面清晰漂亮，用來分析微矩陣（microarray）實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù)，需要下載安裝JAVA運行環(huán)境JRE1.2后(5.1M)后，才能運行。
2、 基因芯片閱讀圖像分析軟件
ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片閱讀軟件，進行微矩陣熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。
3、 基因芯片數(shù)據(jù)分析軟件
Cluster 斯坦福的對大量微矩陣數(shù)據(jù)組進行各種簇（Cluster）分析與其它各種處理的軟件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微矩陣顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，由Stanford大學編制。
4．基因芯片聚類圖形顯示
TreeView 1.5 斯坦福開發(fā)的用來顯示Cluster軟件分析的圖形化結(jié)果�，F(xiàn)已和Cluster成為了基因芯片處理的標準軟件。
FreeView 是基于JAVA語言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強了某些功能。
5．基因芯片引物設(shè)計
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
二、RNA二級結(jié)構(gòu)
RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級序列預(yù)測RNA二級結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實現(xiàn)。預(yù)測所用的熱力學數(shù)據(jù)是最近由Turner實驗室獲得。提供了一些模塊以擴展Zuker算法的能力，使之為一個界面友好的RNA折疊程序。允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。 基本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆內(nèi)存。
RNAdraw 是一個進行RNA二級結(jié)構(gòu)計算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。
loopDloop 2.07b Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機。
Circles 0.1.0 Java語言寫成的繪制RNA二級結(jié)構(gòu)的軟件，需要安裝JAVA虛擬機。
三、序列綜合分析
Vector NTI Suite 8.0 不喜歡裝備各種專業(yè)性強的軟件，而希望用一個綜合性的軟件代替的同志可以選擇本軟件。本階段的大部分功能它都有。該軟件具體特有良好的數(shù)據(jù)庫管理（增加、修改、查找），對要操作的數(shù)據(jù)放在一個界面相同的數(shù)據(jù)庫中統(tǒng)一管理。軟件中的大部分分析可以通過在數(shù)據(jù)庫中進行選定（數(shù)據(jù)）->分析->結(jié)果（顯示、保存和入庫）三步完成。在分析主界面，軟件可以對核酸蛋白分子進行限制酶分析、結(jié)構(gòu)域查找等多種分析和操作，生成重組分子策略和實驗方法，進行限制酶片段的虛擬電泳，新建輸入各種格式的分子數(shù)據(jù)、加以注釋，輸出高質(zhì)量的圖像。Vector NTI Suite還有以下獨立的分析程序，完成相關(guān)分析。這些獨立的程序，可以通過選定->分析->結(jié)果三步調(diào)用。
l 3DMol－顯示PDB格式分子的三維結(jié)構(gòu)
l Align X－序列相似性比較
l Align Xblocks－序列局部完全相同比較
l ContigExpress－將小片段拼裝成長序列
l GCGConverter－GCG格式文件轉(zhuǎn)換成NTI的格式
l PubMed/Entrez Search－搜索PubMed、PDB、GenBank
l Back Translation－核酸->蛋白->核酸反向翻譯的工具
l Matrix Editor－矩陣數(shù)據(jù)編輯
l Tools Manager－連接其他程序和網(wǎng)絡(luò)連接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。
DNAStar5.03 即著名的Lasergene Suite，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七個模塊組成，該軟件的MegAlign模塊，可以對多達64000的片段進行拼裝。整個拼裝過程即時顯示，并提示可能的完成時間。拼裝結(jié)果采用序列、策略等方式顯示。DNAstar是哈佛大學醫(yī)學院是使用的序列分析軟件，可見其功能強大。
Omiga 2.0實際上，大部分對核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實現(xiàn)了核酸序列與其互補鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標準翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計并評估PCR、測序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點（Proteolytic Sites）、基元、二級結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點等數(shù)據(jù)庫中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)�？蓮腗acVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對蛋白進行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
DS gene : Omiga 2.0的換代產(chǎn)品，accelrys公司Discovery studio系列，accelrys公司的insight II,GCG是業(yè)內(nèi)蛋白分析和核酸分析的權(quán)威軟件，DS gene 是GCG的個人機簡版，功能強大，而且可以直接與GCG服務(wù)器相連。由于受到vector NTI的界面影響，DS gene 與Omiga 2.0相比界面有了很大的改變。
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個功能強大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學軟件的常用功能，可進行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫查詢等功能，足可滿足一般實驗室的要求。在DOS時代，DNASIS 7等版本便是流傳甚廣并曾給過許多人以幫助的分子生物學軟件，因此我們有理由期待Win版的DNASIS 會帶給我們驚喜。 DNASIS MAX 1.0 DNASIS 2.5的更新?lián)Q代產(chǎn)品。綜合序列分析軟件，體積比上一個版本一下膨脹了許多。界面風格也改變了很多。
DNATools 5.1 與Omiga, DNAsis, PCgene等軟件屬于同一類的綜合性軟件,操作簡單功能多。DNATools設(shè)計的用戶友好、強壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當程序不能辨別序列的格式時（通過尋找常用序列格式的特征），會顯示這個文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個項目中可以加入幾千個序列或引物，并在整個項目中分析這些序列及標題。這個程序的一個特點是給每個序列或引物添加文本標題。這樣就可以用自定義的標題識別序列，而不必通過它們的文件名。
Bioedit一個具有序列簡單分析和序列對比功能的軟件。該軟件有一個簡單親切的界面，集成其他已經(jīng)很有效果的序列比對軟件。另外該軟件還有很多有用的相關(guān)站點連接。雖然該軟件看起來結(jié)構(gòu)簡單，但卻又很強的可充性，可以自由整合許多軟件，例如viewtree.
Jellyfish 2.1 只水母不簡單，可以用來進行DNA翻譯，序列排隊比較，限制酶消化，提交序列進行BLAST，研究項目管理等。操作十分簡單，只需拖動與點擊便可。
Genetools Genebio公司的核酸序列分析軟件，雖然不及vect NTI 和DS gene 強大，它具有repeat /vect find 使其他分析軟件所不具有的，值得一提的是該軟件具有的CpG island分析。
DNAMAN 限制酶分析，引物設(shè)計，對排（aligment）,翻譯，數(shù)據(jù)庫操作，Blast，序列裝配（Sequence assembly）.易學易用，操作方便。
四、限制酶切位點分析
DNAssist2.0 大多軟件只對線性序列進行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點。DNAssist 1.0能很容易把這個EcoR I位點找出來。另外DNAssist在輸出上非常完美，除了圖形、線性顯示外，還有類似DNASIS的列表方式，列出有的位點（按酶排列，按堿基順序排列）。
五、質(zhì)粒繪圖
Gene Construction Kit 2.0 這一個非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強，使用起來也不簡單；幸虧它附有詳細的使用幫助，認真研究后，應(yīng)該沒有問題。
Winplas 2.6 該軟件用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動識別限制位點 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強大，功能包括：位點標簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報告輸出與序列輸入報告功能。
Plasmid Premier2.02 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于質(zhì)粒作圖的專業(yè)軟件，主要用于進行質(zhì)粒作圖，質(zhì)粒特征分析和質(zhì)粒設(shè)計。其主要界面分為序列編輯窗口（Genetank），質(zhì)粒作圖窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。打開程序就可進入序列編輯窗口，可以直接打開Genbank或Vector數(shù)據(jù)庫中已知質(zhì)粒的序列文件，將序列讀入，并將有關(guān)于質(zhì)粒的各種特征，包括編碼區(qū)，啟動子，多克隆位點以及參考文獻等信息保存在Header中；也可以直接輸入序列進行未知質(zhì)粒的設(shè)計。
Redasoft Visual Cloning 2000 用來幫助生命科學家快速而輕松地繪制專業(yè)級質(zhì)量的質(zhì)粒載體圖， 主要的性能包括：快速和輕松地生成一個清晰，色彩鮮明的環(huán)行或線性的載體圖。自動識別和解析序列文件。新增的web瀏覽功能允許你鏈接到數(shù)據(jù)庫站點，并支持下載和自動將序列文件轉(zhuǎn)換成載體圖。強大的限制性內(nèi)切酶分析功能和擁有將近1000種來自REBASE的限制性內(nèi)切酶。片段的刪除和插入完全模擬克隆實驗并和其他圖形兼容。所看即所得 (What You See Is What You Get)的編輯環(huán)境使得你的打印結(jié)果和你在屏幕上看到的保持一致。自動標記各種區(qū)段的堿基位置以避免重疊�？蛇x擇的圖形比例尺使幾個構(gòu)造圖間很容易比較。允許質(zhì)粒圖拷貝到剪貼板并粘貼到其他Windows應(yīng)用程序。可以用e-mail的方式傳遞載體圖。
SimVector 質(zhì)粒圖繪制軟件，繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖與序列、載體圖。
Clone Manager 小巧的研究人員日常使用的輔助克隆工具，主要功能是限制酶切割、分子重組、質(zhì)粒作圖等。
六、引物分析
Primer Premier 5.0 顧名思義，該軟件就是用來進行引物設(shè)計的�？梢院唵蔚赝ㄟ^手動拖動鼠標以擴增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來。而且進行這些操作非常簡單
Oligo 6.57 引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計軟件，同時計算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。
Primer D'Signer 1.1 免費的引物設(shè)計輔助軟件，專門用于pASK-IBA和pPR-IBA表達載體，簡化引物設(shè)計工作。
Array Designer 2.00 DNA微矩陣（microarray）軟件，批量設(shè)計DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer 1.01 PCR定量分析分子信標(Molecular beacon )設(shè)計軟件
NetPrimer 于WEB界面的引物設(shè)計程序，1.8M，包括JAVA程序和幫助文件，解壓后，可在本地直接使用，不須再連到原始網(wǎng)站使用。
七、蛋白二級結(jié)構(gòu)分析
ANTHEPROT 4.5 是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強大。應(yīng)用此軟件包，使用個人電腦，便能進行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級結(jié)構(gòu)。
Peptool, 與genetool同出一家，可以進行氨基酸序列的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，motif的尋找，酶切片斷的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析。是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。
VHMPT （Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋狀膜蛋白拓撲結(jié)構(gòu)觀察與編輯軟件，可以自動生成帶有跨膜螺旋的蛋白的示意性2維拓撲結(jié)構(gòu)，并可對拓撲結(jié)構(gòu)進行交互編輯。由**生物醫(yī)學科學研究所的黃明經(jīng)博士編制。安裝Tcl 8.0 (2.6M)方可運行。
MACAW 序列構(gòu)建與分析工作臺軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個用來構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個特點： 1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。 2. 應(yīng)用一個最近發(fā)展的數(shù)學原理計算block類似性的統(tǒng)計學顯著性。 3. 使用各種視圖工具，可以評估一個候選block包含在一個多序列中的可能性。 4． 可以很容易地編輯每一個block。
八、凝膠分析軟件
BandScan 4.30 通用的電泳膠條帶定量分析軟件，手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規(guī)則的，可以清除背景。進行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。直接使用掃描儀。將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。
band leader 3.0 小巧的凝膠圖像分析軟件。
TotalLab 2.0 是一個全智能化的凝膠分析軟件，對DNA、蛋白凝膠電泳圖像、arrays, dot blots與colonies等圖像可以進行很方便的處理。功能齊全，很容易上手。
Quantityone ： bio-rad公司的1d凝膠分析軟件，但可配套各種產(chǎn)品，界面華麗，能夠生成報告，具有大公司的風范。
QuantiScan 2.1 功能單一的1D凝膠分析軟件，但經(jīng)評測能夠及其準確的測量出各個條帶的分子量。
Gel-Pro Analyzer Media Cybernetics公司的產(chǎn)品，一向以提供專業(yè)級的分析軟件而著稱。
SigmaGel 1.0 SPSS公司凝膠分析產(chǎn)品。
Melanie 3 Viewer Swiss Institute of Bioinformatics (SI用來查看使用Melanie3軟件獲得的凝膠圖片與相關(guān)數(shù)據(jù)，也包括一些有限的凝膠數(shù)據(jù)分析功能。
PDQuest 6.2.1 bio-rad公司一個分析2維凝膠并生成數(shù)據(jù)庫的標準軟件。使用它，可以同時分析100個凝膠圖像，生成包含1000個凝膠圖像的數(shù)據(jù)庫。
九、三維結(jié)構(gòu)顯示
RasMol 2.7 是計算化學與分子圖形學以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Internet上的各種免費數(shù)據(jù)庫中，下載所需觀察與研究的分子坐標文件，進而通過RasMol 2.7以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特點是界面簡單，基本操作簡單，運行非常迅速，對機器的要求較低，對小的有機分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或RNA, 均能適用，且顯示模式非常豐富。而且它程序短小，功能強大。尚無在功能上出其右者。其顯示窗口可以很簡單通過選擇相應(yīng)的菜單來顯示分子的三維結(jié)構(gòu)。用命令行窗口，通過輸入命令可以執(zhí)行和顯示復(fù)雜和要求極高的三維圖形。
CHIME 2.6 IE與NetScape瀏覽器插件,安裝后,可以直接用瀏覽器觀看PDB格式的文件,直接在瀏覽器中觀看3D分子。
ICMLite 維分子瀏覽工具，是MolSoft公司出品的軟件ICM的簡化版,免費推出， 但功能十分強大。可讀取PDB格式及其他數(shù)種格式的分子文件,易于操作,顯示的分子圖像我認為優(yōu)于RasMol,值得一試。還可以進行一些計算操作。
POV-Ray 3.5 是一個高質(zhì)量、完全免費創(chuàng)造最棒三維圖像的非常有名的工具，用在分子生物學上，便是用它生成高質(zhì)量的三維大分子圖像。見過Science封面上漂亮極的分子圖像嗎？便是用它與以下軟件結(jié)合制作出來的。運算POV格式文件，生成三維圖形，非常棒。該軟件相當于一種語言，修改pov格式文件，可以定義光源、攝像機、材質(zhì)、陰影等因素，把生物分子的表面用材質(zhì)填充，根據(jù)光源、攝像機得到分子三維圖的一個角度的圖。分辨率最大可達1280*1024。圖象質(zhì)量精美。
DS viewer pro 5.0 Accerlys公司Discovery studio系列中的一員。
3D-mol viewer, 帶動windows系統(tǒng)下生物軟件革新的vector NTIsuite中的一員。
Cn3D 是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結(jié)構(gòu)窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫，能直接根據(jù)輸入的序列號從數(shù)據(jù)庫中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進行觀察，比其他軟件要簡便。而Cn3D主要的特點是能夠?qū)蓚�蛋白放在一起直觀地進行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過VAST對準得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
Spdbv 即Swiss-PdbViewer， 是一個界面非常友好的應(yīng)用程序，使用起來比RASMOL方便，用來同時分析幾個蛋白PDB文件�？梢詫讉�蛋白疊加起來用來分析結(jié)構(gòu)類似性，比較活性位點或其它有關(guān)位點。通過菜單操作與直觀的圖形，可以很容易獲得氫鍵、角度、原子距離、氨基酸突變等數(shù)據(jù)。該軟件與Swiss-Model服務(wù)器（蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建服務(wù)器）緊密關(guān)聯(lián)，可以從軟件直接連到Swiss-Model服務(wù)器進行理論蛋白立體結(jié)構(gòu)構(gòu)建。而且，該軟件可以調(diào)用POV-Ray軟件（見上）生成質(zhì)量非常高的蛋白圖像。
Molmol 主要用來進行各種分子文件的轉(zhuǎn)換，支持30種主要分子格式，也可以用來進行3維分子的簡單顯示�？蓪DB格式輸出為POV格式后，用POV-RAY進行渲染，生成非常漂亮的三維圖形。演示版只支持樣板文件與原子數(shù)小于20的分子文件格式的轉(zhuǎn)換。不知是否有取巧的辦法。
十、生物顯微圖像分析
Scion Image 是一個優(yōu)秀的免費圖像處理與分析工具。是非常流行的蘋果機上的NIH（National Institutes of Health) Image的WINDOWS版，用來顯示編輯分析各種圖像。 讀取格式為 TIFF 與BMP格式,是一個專業(yè)圖像分析軟件，適用與于科學處理，這點從研發(fā)單位便可看出。生物學工作者處理圖像必備。
SigmaScan Pro 5.0 是一個有力的圖像分析軟件30天全功能演示版，進行數(shù)字圖像的分析處理，可以很容易地將圖像進行分析，得出科學結(jié)論。
Image-Pro Plus Version 4.5 Media Cybernetics公司的專業(yè)產(chǎn)品，不僅可以進行顯微分析，還可也進行其他科學分析。
十一、數(shù)據(jù)統(tǒng)計類軟件
SAS世界排名第一，專業(yè)性極強，能做各種統(tǒng)計，是FDA唯一批準有效的統(tǒng)計軟件。但人機對話不方便，主要是類似DOS下的命令操作，最新的8.0版本，稍有改進，鼠標操作性較好，若今后能進一步改進操作的話，其應(yīng)用將大大廣泛。是專業(yè)統(tǒng)計人員的首選軟件。
SPSS，世界排名第二，最新版本11.01，其特點：功能強大，易于操作，簡單明了，人機對話方便，數(shù)據(jù)庫接口豐富，最新SPSS可以讀出SAS數(shù)據(jù)，是業(yè)余人員的首選。最新版本糾正以往的不穩(wěn)定、運行速度慢的缺點。11.0運行速度是 10.0的十倍以上，主要原因是SPSS公司將原有的內(nèi)核全部更換了。但SPSS分為不同版本，如basic版、standard版和advance版。許多復(fù)雜的統(tǒng)計功能只在advance版中才出現(xiàn)，如復(fù)雜多元相關(guān)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)統(tǒng)計，而前兩版中許多復(fù)雜統(tǒng)計并沒有（可能為了便于安裝使用吧，11.0的basic版約60M，standard約110M-150M,而高級版本則幾百M。象SAS完成安裝則達6張CD！因而絕大多數(shù)人不可能使用它全部功能。因而常規(guī)建議是SPSS origin6.0一個統(tǒng)計，一個作圖，而且二者數(shù)據(jù)可以通用，效果很好！在我的主頁的站點導(dǎo)航 statisitic：最新10.0，運行速度最快，模塊化操作，不同統(tǒng)計數(shù)據(jù)有不同界面風格，使用方便，目前國內(nèi)有很多用戶。但其知名度在前二者之下，對一般用戶可以考慮選用。
Origin 7.0 是一個非常有名并且易于使用的科學用途數(shù)據(jù)繪圖與數(shù)據(jù)分析處理工具軟件，各種期刊上的統(tǒng)計圖，幾乎都是出自他的手筆。
以上的軟件過于強大，下面是一些小巧易用的數(shù)據(jù)統(tǒng)計作圖，更適合生物學的數(shù)據(jù)分析：
GraphPad Prism著名的數(shù)據(jù)處理軟件,用來進行生物學統(tǒng)計、曲線擬合以及作圖。短小而功能齊全。
SigmaPlot 2002 著名的繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件包可以根據(jù)各種數(shù)據(jù)，繪制精確的兩維或三維曲線，可以自由定制各數(shù)據(jù)軸的特性，并能進行數(shù)據(jù)的各種統(tǒng)計分析。進行一般的生物類數(shù)據(jù)處理作圖，功能足以。
Simstat 一個易于使用的智能統(tǒng)計軟件尤其適合對統(tǒng)計知識了解不多的人使用，它具有一個“專家系統(tǒng)”，引導(dǎo)你對數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析�？膳cSigmaPlot結(jié)合生成高質(zhì)量數(shù)據(jù)圖。
CurveExpert ELISA標準曲線擬合、及其它各種有關(guān)的實驗數(shù) 據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便， 可以說是實驗數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線應(yīng)用到論文之中。
十二、文獻管理
reference Manager 10.0 可以在線通過查找關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個Z39.50數(shù)據(jù)庫中的專業(yè)資料,同時保存查找的資料為本地文件。資料內(nèi)容和記錄分上下兩個屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時敲鍵盤就可以到相應(yīng)的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找資料，并插入引用。在文章中對引用的文獻可以格式化，引用的參考資料格式有很強的用戶自定義功能，可以符合各種雜志對引用格式的要求，引用時不用多窗口切換.
Endnote6.0 專業(yè)參考文獻查詢軟件，可在線查找Ineternet上的各種文獻數(shù)據(jù)庫，將查找到的資料保存入本地數(shù)據(jù)庫，并自動生成格式化的參考文獻清單插入各種文字處理軟件。
十三、進化樹分析
Phylip 最為通用的進化樹分析軟件。主要包括五個方面的功能軟件：i，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的分析軟件。ii，序列數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)變成距離數(shù)據(jù)后，對距離數(shù)據(jù)分析的軟件。 iii，對基因頻率和連續(xù)的元素分析的軟件。iv，把序列的每個堿基/氨基酸獨立看待（堿基/氨基酸只有0和1的狀態(tài)）時，對序列進行分析的軟件。v，按照DOLLO簡約性算法對序列進行分析的軟件。vi，繪制和修改進化樹的軟件。
PUZZLE 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進化樹，一個軟件，并且對樹進行bootstrap評估�？蓪Υ罅繑�(shù)據(jù)進行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個統(tǒng)計測試。
Paup 一種功能強大的商業(yè)版系統(tǒng)進化分析軟件，據(jù)稱價值一萬大洋。