基因定位的連鎖分析是根據(jù)基因在染色體上呈直線排列，不同基因相互連鎖成連鎖群的原理，即應(yīng)用被定位的基因與同一染色體上另一基因或遺傳標(biāo)記相連鎖的特點(diǎn)進(jìn)行定位。生殖細(xì)胞在減數(shù)分裂時(shí)發(fā)生交換，一對(duì)同源染色體上存在著兩個(gè)相鄰的基因座位，距離較遠(yuǎn)，發(fā)生交換的機(jī)會(huì)較多，則出現(xiàn)基因重組；若兩者較近，重組機(jī)會(huì)較少。重組DNA和分子克隆技術(shù)的出現(xiàn)，發(fā)現(xiàn)了許多遺傳標(biāo)記——多態(tài)位點(diǎn)，利用某個(gè)擬定位的基因是否與某個(gè)遺傳存在連鎖關(guān)系，以及連鎖的緊密程度就能將該基因定位到染色體的一定部位，使經(jīng)典連鎖方法獲得新的廣闊用途，成為人類基因定位的重要手段。
染色體上兩個(gè)位點(diǎn)從親代傳給子代時(shí)，若相距1cM，就有1%的重組機(jī)會(huì)。整個(gè)人類基因組含3.2×109bp，相應(yīng)約有3300cM，每個(gè)染色體平均約有150cM，1cM約為1000kb。因此，一個(gè)致病基因和標(biāo)記位點(diǎn)緊密連鎖，二者不須在同一條染色體的同一區(qū)段，一條染色體可以產(chǎn)生大量的DNA多態(tài)，只要提供足夠的家系，按孟德爾方式遺傳的疾病都可將其基因定位。