石蠟切片雖然是經(jīng)典的方法，但又是最基本的方法，它與其他新的技術方法相結合，使傳統(tǒng)的老技術擴大了其應用范圍，開辟了許多新領域，增加了許多新的研究、觀察內(nèi)容。隨新的儀器及新的研究技術的不斷問世及使用，使組織學的觀察研究從簡單的形態(tài)結構深入到各種成分的定性觀察，又從定性轉(zhuǎn)向定量計測，使細胞組織的形態(tài)，功能及代謝三結合，從而達到定性可靠、定位準確及定量可測。
與免疫學技術結合 組織制片技術與免疫學技術結合構成免疫組織（細胞）化學技術，利用抗原與抗體的特異性結合原理，檢測組織切片中細胞組織的多肽及蛋白質(zhì)等大分子物質(zhì)的定性和定位觀察研究。不論哪種免疫組織化學技術都包括抗體的制備、組織材料處理、制備玻片標本以及免疫染色。冰凍切片手續(xù)簡便，制片過程中抗原活性丟失少，但組織細胞形態(tài)較差；石蠟切片步驟繁多，制片中抗原活性有所減低，但組織細胞形態(tài)清晰，是免疫組織化學常規(guī)制備切片方法之一。一般石蠟包埋的組織切片用于檢測胞漿或核內(nèi)的抗原，不宜做表面抗原染色，有人將新鮮組織浸泡于冷磷酸緩沖液內(nèi)48小時，再固定于96％乙醇或其他固定液固定的組織切片，可用于表面抗原染色。乙醇、丙酮等固定劑對抗原破壞較輕，但結構保存較差。最常用的固定液有中性和緩沖福爾馬林，它可與蛋白質(zhì)交叉結合封閉抗原，在進行免疫染色前，切片再用蛋白酶消化，以暴露抗原部位、增強抗原的反應。在石蠟切片上進行的常用的免疫組化染色有免疫酶組織化學技術中的PAP法（非標記過氧化物酶-抗過氧化物酶法）及親和免疫組織化學技術中的ABC法（抗生物素-生物素-過氧化物酶復合物技術），其特異性強、敏感性高。使用兩種染色法的組織切片都需先經(jīng)第一抗體（各種抗血清）孵育；再經(jīng)第二抗體或生物素標記的第二抗體孵育；后經(jīng)PAP復和物或ABC復合物孵育，最后以DAB（二氨基聯(lián)苯胺）-H2O2液顯色呈棕黃色沉淀。常規(guī)復染、脫水、透明、封片成永久性玻片標本，光鏡下檢測常規(guī)或特殊染色法難以顯示的成分及其精確定位，可用于基礎研究及臨床病理研究及診斷。微波用于石蠟包埋切片免疫組織化學染色既簡化步驟又節(jié)省時間，且能促進免疫染色效果。
石蠟包埋組織流式細胞儀DNA含量分析 是石蠟包埋組織切片與流式細胞術（flow cytometry，F(xiàn)CM）結合使用來測量DNA含量及倍體分析，這一結合是流式細胞儀在臨床應用中，特別是在腫瘤研究方面開拓了新的研究途徑。FCM是激光、電子和電子計算機、流體噴射技術的綜合發(fā)展應用，是快速定量分析細胞的技術，要求被檢細胞呈懸浮狀態(tài)。目前已可測量細胞的大小、體積、DNA含量、DNA合成速率、RNA含量、表面抗原、染色體等。由于制備樣品技術的原因，過去許多流式分析資料僅限于采用新鮮組織標本，Hedley等1983年首先報導了FCM分析石蠟包埋組織切片制備分散細胞懸液技術來進行DNA含量的檢測，從組織切片中能獲得足夠數(shù)量的單個細胞，且與新鮮組織分離獲得的單個細胞在形態(tài)及DNA含量組方圖上均極為相似。目前國內(nèi)也在逐步開展這方面的研究。由于這種方法取材可在病理組織觀察或診斷基礎上進行，比活檢或手術切除標本更為準確，又可做回顧性研究分析；且對DNA檢測速度快、數(shù)據(jù)客觀可靠，在腫瘤診斷、預后的預測和治療反應上具有重要價值；利用過去的標本可成批制作細胞懸液、成批上機測試，避免了儀器調(diào)試狀態(tài)不同帶來的影響，石蠟包埋塊保存時間的長短對結果影響不大。
常規(guī)固定（多數(shù)用福爾馬林）、石蠟包埋的組織塊均可用于流式細胞術，但含苦味酸或汞的固定液均不宜使用。切片厚度以30～50微米為宜。切片脫蠟要干凈、徹底，否則制備出的細胞懸液中碎片多，影響測定。梯度酒精水化后用胃蛋白酶或胰蛋白酶消化，消化后鏡檢呈單個分散狀態(tài)；由于福爾馬林固定可使DNA和核蛋白產(chǎn)生共價交聯(lián)，影響DNA和染料的化學定量結合，導致熒光強度下降，蛋白酶可破壞其聯(lián)結，改善測定的組方圖質(zhì)量，消化時間以能分散細胞及細胞碎片盡量少為適度，以100目尼龍篩網(wǎng)濾去未消化完的組織片，離心去上清液后，加入冰冷的70％酒精固定，放入4℃冰箱備用。上機前染色。DNA特異熒光染料主要有：（1）碘化丙錠（PI）；（2）溴化乙錠（EB）；（3） 4，6-二脒基-二苯基吲哚（DAPI）。FCM檢測石蠟包埋組織細胞DNA含量可做為以形態(tài)學為基礎，多參數(shù)綜合診斷中的一個重要的新手段。由于儀器設備價格昂貴及制備樣品的諸多環(huán)節(jié)均可能影響測定的數(shù)據(jù)，限制了臨床的廣泛使用。
石蠟切片標本是形態(tài)計量技術的基礎 形態(tài)計量技術是近年發(fā)展起來的一種新的定量檢測技術，用全自動圖像分析儀對組織和細胞內(nèi)各種有形成分的數(shù)量、體積、長度及表面積等的圖像數(shù)據(jù)進行數(shù)學處理，以便對生物組織細胞及其結構成分的形態(tài)進行定量分析，如線粒體個數(shù)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、細胞核及胞質(zhì)面積、胰島的數(shù)量及各類細胞的數(shù)值、腎小體的數(shù)量和體積比以及Feulgen染色測定細胞核DNA原位定量等，使組織學及細胞學的研究由形態(tài)及定性觀察轉(zhuǎn)向形態(tài)定量化。形態(tài)計量是從石蠟組織切片或涂片以及組織的光鏡照片和電鏡照片上的各種結構獲取二維圖像數(shù)據(jù)，通過軟件程序處理，得出有價值的結構參數(shù)。這種數(shù)據(jù)準確性高、客觀性強、重復性好、可減少或彌補觀察者的主觀性差異。形態(tài)計量已應用于臨床病理診斷工作，包括非腫瘤病變與腫瘤病變。國內(nèi)對非腫瘤性病變的研究已涉及到動脈粥樣硬化、肝硬變、前列腺肥大、克汀病、胰腺炎及精索靜脈曲張等；而對腫瘤病變的研究則是形態(tài)計量學在臨床研究的重點，目前較集中于消化道、肝、膀胱、乳腺和肺等器官的腫瘤。此外，在疾病的發(fā)生過程中把形態(tài)計量參數(shù)與功能變化指標有機地結合，有利于探討疾病的發(fā)病機制；形態(tài)計量參數(shù)對腫瘤病變的治療效果及預后判斷的估計亦有參考價值。
在形態(tài)計量學的研究中，首先是對樣品質(zhì)量要求較高，例如制片過程中組織的收縮、膨脹與擠壓、切片厚度與方向，特別是切片染色技術，染色是使組織或細胞各成分能染成不同色澤而便于識別，提高待測成分圖像的可測性及其內(nèi)在組分的表達性，使待測成分的色彩和亮度明顯清晰地區(qū)別于它的背景。采用常規(guī)染色、特殊染色以及免疫組織化學染色，可對不同著色的成分及反應物作形態(tài)定量測定；利用免疫組織化學和原位雜交技術使病灶染色，再作形態(tài)定量測量。其次是要找出特征結構參數(shù)或定量指標，可先檢測組織或細胞的各種可測參數(shù)或根據(jù)待測成分的形態(tài)特點設計一些參數(shù)，再用統(tǒng)計學方法篩選出有用的參數(shù)作定量測定。由于儀器昂貴，目前國內(nèi)尚處在實驗研究階段，臨床上的廣泛應用尚有一定困難。形態(tài)計量技術與常規(guī)技術和其它新技術綜合研究方法的使用，具有較好的應用價值及效果。
隨著各種新儀器的問世和新技術方法的不斷建立與使用，石蠟切片技術也逐漸擴展、滲入許多新領域中，做為基礎技術提供有效的實驗或使用樣品。石蠟包埋組織切片還可用于細胞原位核酸分子雜交技術中，可對材料中被雜交的DNA分子進行定位、含量分析或觀察基因表達（mRNA）水平；聚合酶鏈式反應（PCR）技術可用于固定、石蠟包埋組織的DNA分析，使研究進入了分子水平，但在短期內(nèi)這些技術尚不能做常規(guī)使用。