與個體發(fā)生同為E．H．Haeckel（1886）提倡的術(shù)語。追尋生物的各種族從發(fā)生到絕滅的形態(tài)變化，簡而言之，就是種族的歷史。而phylogenie一詞也就是關(guān)于這方面的研究（系統(tǒng)學(xué)）。系統(tǒng)發(fā)生的研究，在現(xiàn)存生物的生物學(xué)中，是以比較解剖學(xué)、比較胚胎學(xué)和比較生物化學(xué)等作為基礎(chǔ)來進行的。在古生物學(xué)中是以追蹤各時代的生物遺跡，也就是化石來完成的。在19世紀的后半葉，根據(jù)生物發(fā)生律所追尋的系統(tǒng)發(fā)生是肯定可靠的，它也是促使比較胚胎學(xué)興盛的原因，但出現(xiàn)對此定律的種種批判，感到已達到了極限。但是進入本世紀后，由于貝爾（G．R．deBeer）及其他人對個體發(fā)生和系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系重新進行了研究而開辟了新的途徑。在古生物學(xué)的研究中，從W．H．Waagen（1869）對于菊石類（Ammo－nite）研究以來，直接探索系統(tǒng)發(fā)生，有不少成功的實例，如馬科、象科等的研究也包括在內(nèi)。不過若從整個生物界來看，通過化石的研究來確定系統(tǒng)發(fā)生的情況還是不多的。