一種具有運動功能的細胞小器官，見于原生動物的鞭毛蟲類、某些細菌、藻類和真菌的游動孢子和配子、后生動物的精子以及所謂構(gòu)成鞭毛上皮的細胞。它是由埋藏在細胞表層的基粒和由此伸出的鞭毛纖維構(gòu)成。與纖毛無本質(zhì)上的差別，一般是把長而少的稱為鞭毛。結(jié)構(gòu)最簡單的鞭毛可在大腸桿菌等周毛細菌群中見到，纖維是由單一的鞭毛蛋白聚合成一層直徑15-20納米的螺旋管構(gòu)成，其基部通過稱為“鉤”（hook）的管狀結(jié)構(gòu)與基粒相結(jié)合。由于細菌種類的不同，有的纖維由2種以上鞭毛蛋白組成，有的由多層蛋白質(zhì)聚合體組成，還有的在纖維的外側(cè)覆蓋一層蛋白質(zhì)鞘。
真核生物的鞭毛，由9組小管（亦稱軸絲）排列成圓形，這些小管的橫切面為圓形和馬蹄型相連接著，在中央通過2條小管，它們都埋在蛋白質(zhì)的基質(zhì)中，再由一薄層原生質(zhì)覆蓋。由這種基部結(jié)構(gòu)的無分枝纖維所形成的鞭毛稱為尾型，大部分真核生物的鞭毛均屬此型。在二叉分枝菌類可見有羽型鞭毛，它是沿細胞生出的纖維左右兩側(cè)或一側(cè)又生出細纖維狀的須作分校排列的鞭毛。鞭毛的這兩種類型在鞭毛型生活相上構(gòu)成了多態(tài)性的兩個方面可看作是系統(tǒng)發(fā)育中的最原始的性狀，鞭毛的這種類型和它在細胞上附著點的位置，常用于生物尤其是植物各門的劃分。鞭毛在其生物體的移動、捕食以及暫時附著于其他物體等方面具有作用，有時也有感覺器官的作用。