亦稱鞭毛類。主要是對有核、有葉綠體的單細(xì)胞藻類以鞭毛為特征所組成的植物界的一門。如果從體制的簡單和復(fù)雜的分類學(xué)觀點來進(jìn)行分類，系歸屬于原生動物門，因此，只把其中具有葉綠體的一群作為藻類抽出來，劃分為鞭毛藻類。這樣不免帶有人為劃分的因素。雖說其分類地位人們的意見不同，但以前把這一門植物則多劃分為以下三部分：（1）鞭毛類：雖巳分化出外周包被，但體形易變，有收縮胞及1條至多條鞭毛〔如錐體蟲屬（Trypanosoma）、單鞭金藻屬（Chromulina）、裸藻屬（Euglena）等〕；（2）甲藻類（Dinoflagellata）：具有由2片至多片纖維素片組成的細(xì)胞壁，體上具有可生出2條鞭毛的特殊橫溝和縱溝〔如裸甲藻屬（Gymnodini-um）、多甲藻屬（Peridinium）等〕；（3）黃藻類（Xanthophyceae）：細(xì)胞壁含果膠質(zhì)，運動細(xì)胞的頂端生有兩條不等長的鞭毛〔如氣球藻屬（Botrydi-um）、黃絲藻屬（Tribonema）等〕。自1931年A．Pascher提出建議后，人們已同意把重點放在細(xì)胞水平上的多種不同性狀來進(jìn)行分類，即葉綠素、光合成產(chǎn)物、細(xì)胞壁組成和鞭毛結(jié)構(gòu)等。以往對鞭毛藻類的劃分，把它們分成綱以下的分類單位：具有多細(xì)胞個體的類群；在有多細(xì)胞的各門中而停留在單細(xì)胞階段的類群以及沿其它途徑進(jìn)化的類群。但是，為了便于從外形上描述，今天仍沿用“鞭毛藻”這個詞，就像仍然沿用藻類、菌類等術(shù)語一樣。