Northern印跡雜交（Northern blot）。這是一種將RNA從瓊脂糖凝膠中轉(zhuǎn)印到硝酸纖維素膜上的方法。DNA印跡技術(shù)由Southern于1975年創(chuàng)建，稱為Southern印跡技術(shù)，RNA印跡技術(shù)正好與DNA相對應(yīng)，故被稱為Northern印跡雜交，與此原理相似的蛋白質(zhì)印跡技術(shù)則被稱為Western blot。Northern 印跡雜交的RNA吸印與Southern印跡雜交的DNA吸印方法類似，只是在進(jìn)樣前用甲基氫氧化銀、乙二醛或甲醛使RNA變性，而不用NaOH，因為它會水解RNA的2'-羥基基團(tuán)。RNA變性后有利于在轉(zhuǎn)印過程中與硝酸纖維素膜結(jié)合，它同樣可在高鹽中進(jìn)行轉(zhuǎn)印，但在烘烤前與膜結(jié)合得并不牢固，所以在轉(zhuǎn)印后用低鹽緩沖液洗脫，否則RNA會被洗脫。在膠中不能加EB，因為它會影響RNA與硝酸纖維素膜的結(jié)合。為測定片段大小，可在同一塊膠上加分子量標(biāo)記物一同電泳，之后將標(biāo)記物切下、上色、照像，樣品膠則進(jìn)行Northern轉(zhuǎn)印。標(biāo)記物膠上色的方法是在暗室中將其浸在含5μg/ml
EB的0.1mol/L醋酸銨中10min，光在水中就可脫色，在紫外光下用一次成像相機(jī)拍照時，上色的RNA膠要盡可能少接觸紫外光，若接觸太多或在白熾燈下暴露過久，會使RNA信號降低。瓊脂糖凝膠中分離功能完整的mRNA時，甲基氫氧化銀是一種強(qiáng)力、可逆變性劑，但是有毒，因而許多人喜用甲醛作為變性劑。所有操作均應(yīng)避免RNase的污染。
RNA甲醛凝膠電泳和吸印方法。
<1>試劑：
10×MSE緩沖液：0.2mol/L嗎啉代丙烷磺酸（MOPS），pH7.0，50mmol/L醋酸鈉，1mmol/L EDTA pH8.0。
5×載樣緩沖液：50%甘油，1mmol/L EDTA，0.4%溴酚藍(lán)。
甲醛：用水配成37%濃度（12.3mol/L），應(yīng)在通風(fēng)柜中操作，pH高于4.0。
20×SSC；
去離子甲酰胺；
50mmol/L NaOH(含10mmol/L NaCl)；
0.1mol/L Tris，pH7.5。
<2>步驟：
[1]40ml水中加7g瓊脂糖，煮沸溶解，冷卻到60℃，加7ml10×MSE緩沖液，11.5ml
甲醛，加水定容至70ml，混勻后倒入盛膠槽。
[2]等膠凝固后，去掉梳子和膠布，將盛膠槽放入1×MSE緩沖液的電泳槽。
[3]使RNA變性（最多20μg），RNA4.5ml,10×MSE緩沖液20ml，甲醛3.5ml，去離子甲酰胺10ml。
[4]55℃加熱15min，冰浴冷卻。
[5]加2ml5×載樣緩沖液。
[6]上樣、同時加RNA標(biāo)記物。
[7]60伏電泳過夜。
[8]取出凝膠，水中浸泡2次，每次5min。
[9]室溫下將膠浸到50mmol/L NaOH和10mmol/L NaCl中45min，水解高分子RNA，以增強(qiáng)轉(zhuǎn)印。
[10]室溫下將膠浸到0.1mmol/L Tris HCl(pH7.5)中45min,使膠中和。
[11]20×SSC洗膠1h。
[12]20×SSC中過夜轉(zhuǎn)印到硝酸纖維素膜上。
[13]取出硝酸纖維素膜，80℃真空烘烤2h。
