用第一套引物擴(kuò)增15～30個循環(huán)，再用擴(kuò)增DNA片段內(nèi)設(shè)定的第二套引物擴(kuò)增15～30個循環(huán)，這樣可使待擴(kuò)增序列得到高效擴(kuò)增，而次級結(jié)構(gòu)卻很少擴(kuò)增。用起始引物限量方法或Centricon30(Amicon)分子濾過器離心，在第二套引物加入前去除第一引物。此方法已成功地用來分析中國倉鼠卵巢細(xì)胞AS52的分子突變。AS52細(xì)胞含有單拷貝的細(xì)胞gpt（guanine phos－phribosy transferase）基因，與哺乳動物具有同源性。套式引物PCR減少了引物非特異性退火，從而增加了特異性擴(kuò)增，提高了擴(kuò)增效率。對環(huán)境樣品中微生物檢測和單拷貝的基因靶DNA的擴(kuò)增是非常有效的。
若將套式PCR的內(nèi)外引物稍加改變，延長外引物長度（至25～30bp），同進(jìn)縮短內(nèi)引物長度（15～17bp），使外引物先在高溫退火溫度下做雙溫循環(huán)擴(kuò)增，然后改換至三溫循環(huán)，使內(nèi)引物在外引物擴(kuò)增的基礎(chǔ)上作低溫火溫度的三溫循環(huán)直到擴(kuò)增完成，這樣就可以使兩套引物一次同時加入，兩種循環(huán)一氣呵成，等于只做一次PCR，而靈敏度與套式二次PCR無異，在我們最近推出的PTc 51氣流式DNA熱循環(huán)儀上就可以完成全部程序。
套式一次PCR的成功，使PCR檢測的全過程可以在5h內(nèi)完成，使當(dāng)天出檢驗報告成為現(xiàn)實，也使PCR檢測走入臨床有了現(xiàn)實的基礎(chǔ)。
