1 DNA方陣的構(gòu)建
選擇硅片、玻璃片、瓷片或聚丙烯膜、尼龍膜等支持物，并作相應(yīng)處理，然后采用光導(dǎo)化學(xué)合成和照相平板印刷技術(shù)可在硅片等表面合成寡核苷酸探針;（2）或者通過(guò)液相化學(xué)合成寡核苷酸鏈探針，或PCR技術(shù)擴(kuò)增基因序列，再純化、定量分析，由陣列復(fù)制器（arraying and replicating device ARD），或陣列機(jī)（arrayer）及電腦控制的機(jī)器人，準(zhǔn)確、快速地將不同探針樣品定量點(diǎn)樣于帶正電荷的尼龍膜或硅片等相應(yīng)位置上，再由紫外線交聯(lián)固定后即得到DNA微陣列或芯片。
2 樣品DNA或mRNA的準(zhǔn)備
從血液或活組織中獲取的DNA/mRNA樣品在標(biāo)記成為探針以前必須進(jìn)行擴(kuò)增提高閱讀靈敏度。Mosaic Technologies公司發(fā)展了一種固相PCR系統(tǒng)，好于傳統(tǒng)PCR技術(shù)，他們?cè)诎蠨NA上設(shè)計(jì)一對(duì)雙向引物，將其排列在丙烯酰胺薄膜上，這種方法無(wú)交叉污染且省去液相處理的繁鎖；Lynx Therapeutics公司提出另一個(gè)革新的方法，即大規(guī)模平行固相克隆（massively parallel solid-phase cloning）這個(gè)方法可以對(duì)一個(gè)樣品中數(shù)以萬(wàn)計(jì)的DNA片段同時(shí)進(jìn)行克隆，且不必分離和單獨(dú)處理每個(gè)克隆，使樣品擴(kuò)增更為有效快速。
在PCR擴(kuò)增過(guò)程中，必須同時(shí)進(jìn)行樣品標(biāo)記，標(biāo)記方法有熒光標(biāo)記法、生物素標(biāo)記法、同位素標(biāo)記法等。
3 分子雜交
樣品DNA與探針DNA互補(bǔ)雜交要根據(jù)探針的類型和長(zhǎng)度以及芯片的應(yīng)用來(lái)選擇、優(yōu)化雜交條件。如用于基因表達(dá)監(jiān)測(cè)，雜交的嚴(yán)格性較低、低溫、時(shí)間長(zhǎng)、鹽濃度高；若用于突變檢測(cè)，則雜交條件相反。芯片分子雜交的特點(diǎn)是探針固化，樣品熒光標(biāo)記，一次可以對(duì)大量生物樣品進(jìn)行檢測(cè)分析，雜交過(guò)程只要30min。美國(guó)Nangon公司采用控制電場(chǎng)的方式，使分子雜交速度縮到1min，甚至幾秒鐘。德國(guó)癌癥研究院的Jorg Hoheisel等認(rèn)為以肽核酸（PNA）為探針效果更好。
4 雜交圖譜的檢測(cè)和分析
用激光激發(fā)芯片上的樣品發(fā)射熒光，嚴(yán)格配對(duì)的雜交分子，其熱力學(xué)穩(wěn)定性較高，熒光強(qiáng)；不完全雜交的雙鍵分子熱力學(xué)穩(wěn)定性低，熒光信號(hào)弱（不到前者的1/35~1/5），不雜交的無(wú)熒光。不同位點(diǎn)信號(hào)被激光共焦顯微鏡，或落射熒光顯微鏡等檢測(cè)到，由計(jì)算機(jī)軟件處理分析，得到有關(guān)基因圖譜。目前，如質(zhì)譜法、化學(xué)發(fā)光法、光導(dǎo)纖維法等更靈敏`、快速，有取代熒光法的趨勢(shì)。
