在整個細胞周期內(nèi)都處于凝集狀態(tài)的染色質(zhì)，即永久性的呈現(xiàn)異固縮的染色質(zhì)被稱為結(jié)構(gòu)性異染色質(zhì)。結(jié)構(gòu)性異染色質(zhì)含有高度重復的隨體DNA，分布于大多數(shù)染色體的著絲粒區(qū)、端粒和次縊痕處，呈現(xiàn)C帶染色。結(jié)構(gòu)性異染色質(zhì)的DNA主要是高度重復順序,含有的基因相當少。事實上,當一個有活性的基因通過轉(zhuǎn)座或轉(zhuǎn)位, 移動到結(jié)構(gòu)性異染色質(zhì)區(qū), 通常要失去活性, 這種現(xiàn)象稱為位置效應(position effect), 因此認為結(jié)構(gòu)性異染色質(zhì)區(qū)含有抑制鄰近基因表達的成份。