① 引物:如果引物設計不優(yōu),如引物設計軟件得出的引物評分較低、引物擴增效率不滿足90-110%,主要原因可能是引物本身質量不佳導致體系出現(xiàn)非特異性擴增。
解決方案:
重新設計引物,選擇引物設計軟件評分較高的2-3對引物進行合成,之后選擇融解曲線無雜峰,擴增效率滿足90-110%,且更接近100%的引物作為該基因的引物。
若該雜峰為引物二聚體引起,適當降低引物的投入量可以有效抑制引物二聚體的產生。
② 模板:cDNA模板存在基因組污染。
解決方案:
設計跨內含子引物進而避免基因組污染帶來的干擾;或者選用帶有基因組清除的逆轉錄試劑盒,逆轉錄前對RNA中混有的基因組進行清除。
③ CT值偏大:CT值≥30,可能是由于基因本身表達量低、或者擴增效率不滿足90-110%而導致的基因CT值偏大。CT值較大的情況下,融解曲線容易出現(xiàn)雜峰。