通過危害分析和預防措施確定了關鍵控制點（CCP），為每個CCP建立關鍵限值和操作限值后，接下來需要建立文件化的監(jiān)控程序，對每個CCP點對應的關鍵限值和操作限值進行定期的測量或觀察，以評估一個CCP是否受控，根據(jù)監(jiān)控值的變化趨勢，及時采取相應措施，如加工調(diào)整或采取糾正措施。監(jiān)控對象、監(jiān)控方法、監(jiān)控頻率以及監(jiān)控人員構成了監(jiān)控程序的內(nèi)容。

    在監(jiān)控程序中要規(guī)定控制的目標，也就是監(jiān)控對象，例如：當對溫度敏感成份是關鍵時，則對溫度進行測定；當酸化是食品生產(chǎn)的關鍵時，則測量酸性成份的PH值；當加熱或冷卻過程是關鍵時，則溫度和傳送速度為監(jiān)控對象。監(jiān)控對象可以包括觀察對一個CCP的預防措施是否實施。例如：檢查原料供應商的許可證；檢查軟體貝類原料容器上的標簽所記的捕撈海域，確定是否來自未批準的捕撈區(qū)域等。

    在監(jiān)控方法中，要規(guī)定為達到控制目標所使用的方法以及儀器設備。監(jiān)控必須提供快速的或即時的結果。微生物檢測因耗時長且不宜掌握，因此很少用于CCP監(jiān)控；物理和化學的測量手段快速、方便，是較理想的監(jiān)控方法，如對時間／溫度、水分活度（aw）、酸度（PH）、感官檢查等的監(jiān)控都是常用的監(jiān)控方法。

    在監(jiān)控程序中，除了規(guī)定合適的監(jiān)控方法外，還必須考慮選擇何種監(jiān)控儀器、設備。根據(jù)不同的監(jiān)控對象，可選用不同的監(jiān)控儀器、設備，如溫度計、自動溫度記錄儀、鐘表、衡量器、PH值計、水活度計和化學分析設備等。設備必須準確、可靠。例如，某產(chǎn)品的最低中心溫度必須達到63℃方可殺滅致病菌，而溫度計的誤差為±１℃，那么，CL值就設定為64℃。另外，溫度計需定期校正，以確保準確性。

    在監(jiān)控程序中應規(guī)定監(jiān)控頻率。監(jiān)控可以是連續(xù)的，也可是非連續(xù)的。但監(jiān)控頻率必須能確保對CCP進行有效監(jiān)控，只要有可能，盡量采用連續(xù)監(jiān)控，連續(xù)監(jiān)控對很多種物理和化學參數(shù)是可行的。例如，采用溫度記錄儀可以對蟹肉巴氏殺菌全過程的溫度／時間實現(xiàn)監(jiān)控和記錄；采用金屬探測器對產(chǎn)品進行金屬雜質(zhì)的連續(xù)監(jiān)控等。

    監(jiān)控儀器、設備可以產(chǎn)生連續(xù)的監(jiān)控記錄，但并不意味著已經(jīng)對危害實行了控制。定期檢查連續(xù)監(jiān)控記錄，必要時采取措施，這也是監(jiān)控的一個組成部分。當出現(xiàn)CL偏離時，檢查間隔的時間長短將直接影響到產(chǎn)品返工和損失的數(shù)量，因此，監(jiān)控頻率必須有利于產(chǎn)品的標識和可追溯性。
當不可能連續(xù)監(jiān)控一個CCP時，例如，罐內(nèi)最大裝罐量、初溫的監(jiān)控等，縮短監(jiān)控的時間間隔，對監(jiān)控可能發(fā)生的關鍵限值和操作限值的偏離是很有效的一種手段。

    制定HACCP計劃時，明確由誰監(jiān)控以及監(jiān)控責任是另一個重要的考慮因素。從事CCP監(jiān)控的人員可以是：流水線上的人員、設備操作者、監(jiān)督員、維修人員或質(zhì)量保證人員。作業(yè)的現(xiàn)場人員進行監(jiān)控是比較合適的，因為這些人在連續(xù)觀察產(chǎn)品的生產(chǎn)和設備的動作中，能容易地發(fā)現(xiàn)異常情況的發(fā)生。同時，HACCP活動中有現(xiàn)場人員參與，有利于HACCP計劃的理解和執(zhí)行。CCP監(jiān)控人員必須：（1）受過CCP監(jiān)控技術的培訓；（2）充分理解CCP監(jiān)控的重要性；（3）在監(jiān)控的方便崗位上作業(yè)；（4）能對監(jiān)控活動提供準確報告；（5）能及時報告CL值偏離情況，以便迅速采取糾正措施。

    監(jiān)控人員的責任是及時記錄監(jiān)控結果，報告異常事件和CL值偏離情況，以便采取加工過程調(diào)整或糾正措施。所有CCP的有關記錄必須有監(jiān)控人員的簽名。

    另外，在監(jiān)控程序中應規(guī)定審核負責人，審核人員負責對監(jiān)控記錄進行審核，并在審核記錄上簽字。監(jiān)控記錄必須予以保存，它可以用來證明產(chǎn)品是在符合HACCP計劃要求的條件下生產(chǎn)的，同時，為將來的驗證提供必需的資料。