根據日本國家行政體制，政府各部門在自己分工權限范圍內，對有關進出口商品檢驗工作實行分工管理。通商產業(yè)省（分管全國所有工業(yè)生產和商業(yè)、外貿等事務），負責進出口工業(yè)品的檢驗管理；農林水產�。ǚ止苋珖r林牧漁和食品等的生產），負責全國進出口農林水產品和食品的檢驗和檢疫管理；厚生�。ǚ止苋珖t(yī)療衛(wèi)生事務），負責進出口食品、醫(yī)藥品等衛(wèi)生方面的檢驗和管理；運輸�。ǚ止芎�、陸、空客貨運輸事務），負責進出口商品運載計量和安全方面的檢驗管理。 日本政府對進出口商品檢驗管理主要有三個方面：
1、通過國家立法進行管理
日本政府十分重視發(fā)揮法律對社會經濟發(fā)展的促進作用，陸續(xù)頒布一系列法律法規(guī)，如《出口檢查法》、《食品衛(wèi)生法》、《工業(yè)標準化法》、《出口設計法》、《產品責任法》等等，通過立法形式建立加強進出口商品檢驗管理的依據。這些法律明確規(guī)定進出口生產、加工、經營、銷售單位以及商品檢驗、海關等執(zhí)法部門的法律義務和責任，對違法者進行法律制裁。
2、對重點進出口商品實行強制性檢驗
根據《出口檢查法》等有關法律的規(guī)定，日本政府有關部門根據需要，規(guī)定了若干必須由政府或政府指定的民間檢驗機構檢驗的商品種類， 亦稱法定檢驗商品種類。凡被列為法定檢驗范圍的商品，有關生產經營企業(yè)必須向政府或政府指定的檢驗機構申報檢驗，經這些檢驗機構檢驗合格后，發(fā)給檢驗合格證書，并對商品加附BESST標志，經海關審核驗證后予以通關放行。如發(fā)現違反檢驗法律的行為，海關即將情況通知政府有關部門，由政府的檢驗機構負責復驗、調查核實，提交地方法院，由法院視情對違反法律的當事人進行處罰。
3、對民間檢驗機構實行監(jiān)督管理
為了使有關進出口商品檢驗法律順利實施，日本政府十分重視組織和利用社會檢驗力量。日本國內的一些民間檢驗機構由政府主管當局根據 《出口檢驗法》的規(guī)定批準營業(yè)，代表政府對出口商品進行檢驗，承擔著"法定檢驗"的任務。為了保證檢驗工作的公正準確，這些民間機構在政府的嚴格控制下進行工作，日本政府對有關民間檢驗機構的檢驗技術水平、檢驗設備手段、檢驗范圍和能力以及組織結構進行考核認證。對具備條件的授權代表政府執(zhí)行有關進出口商品的法定檢驗。政府部門對所指定的民間檢驗機構的檢驗業(yè)務和檢驗結果進行監(jiān)督管理，不定期進行抽查，如發(fā)現問題可撤銷授權。政府有關部門還對指定檢驗機構的領導人實行任命，如委派剛退出現職的農林省次長或糧食廳長擔任日本谷物檢定協(xié)會的會長和理事長；由運輸省大臣確認日本海事檢定協(xié)會的理事以上干部，并發(fā)給確認書等；對其一般官員和雇員的聘用、解雇和處罰，都有嚴格的規(guī)定，所有工作人員都必須注冊。
日本政府委托官方和民間檢驗機構對指定的出口商品進行檢驗。所謂"指定商品"，是指由日本"出口商品檢驗和設計促進委員會"提出指定出口商品目錄建議，由內閣發(fā)布命令加以指定。日本《出口檢驗法》規(guī)定，每一種指定的出口商品都由行政法規(guī)規(guī)定其檢驗標準，一旦出口商品質量達不到這些標準規(guī)定，不管出口商或進口商擔保與否，都不準出口。指定的商品未經法定檢驗而出口的，將對出口人簽發(fā)制止令，并處以罰款。偽造或涂改檢驗機構證書的，將被視為特別嚴重的"偽造公文罪"，其受到的處罰遠遠重于一般的偽造公文罪。